公元1066年，法王威廉一世打败萨克逊人，统治英国，利用强势铁骑及僧侣压制穷苦的萨克逊农民。经过一百多年传位于他的孙子亨利二世，但亨利二世有个挚友名叫汤姆斯是萨克逊人。汤姆斯在亨利二世接位后，被封作首相，并凭着聪明才智越过英伦海峡，不费一兵一卒便让法王割让三地。亨利二世向来与教会不合，此时正逢教主去世，为求国家安定，亨利二世毅然派汤姆斯前往接任教主职位。汤姆斯接管神职后，比做首相时更了解民间疾苦，并寻回萨克逊人的自我，引得亨利二世猜忌，借贪污之名加以陷害。汤姆斯流落他乡，苦行修身，多年后回国依然受到国人的

贫农女儿吴琼花不堪忍受恶霸地主南霸天的残酷压迫，决心逃出火坑，但又被抓了回来，关在监牢里。但她仍然冒死冲出牢笼，追求自由。在椰林里，地主管家老四带领团丁搜捕琼花，琼花与他们展开了一番殊死的搏斗……

海南贫家女吴琼花（祝希娟）被残暴的恶霸南霸天活活打个半死昏倒在地，幸得装扮成华侨富商的红军干部洪常青（王心刚）和他手下的及时相救，她才保全性命。伤好后，吴琼花立志投身革命，如愿以偿成为一员娘子军战士。南霸天的寿辰日，洪常青混在众人中来到南府向他贺寿，见来者一身华侨富商打扮并奉上贵重寿礼，南霸天没对洪常青起任何疑心。夜深，吴琼花带领一名女战士化装成丫头潜入南府，准备见机和洪常青以及外面的同志配合一举拿下南霸天，但关键时刻，对南霸天恨之入骨的吴琼花贸然采取了行动。

距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。忙着找工作以及和女友卡莉经营爱情的山姆

这是汽车人和霸天虎之间毁灭性内战的最后几个小时。撕裂他们的家乡塞伯坦星球的战争正处于转折点。两位领导人，擎天柱和威震天，都想拯救他们的世界并统一他们的人民，但只能按照他们自己的方式进行。为了结束冲突，威震天被迫考虑使用塞伯坦所有生命和力量的源泉火种来“重新格式化”汽车人，从而“统一”塞伯坦。在寡不敌众、枪械落后的情况下，疲惫不堪的汽车人在“围攻”之下，精心策划了一系列绝望的反击，以执行一项任务，如果一切顺利，最终将做出一个不可思议的选择：为了拯救他们的星球而杀死它。

这是汽车人和霸天虎之间毁灭性内战的最后几个小时。撕裂他们的家乡塞伯坦星球的战争正处于转折点。两位领导人，擎天柱和威震天，都想拯救他们的世界并统一他们的人民，但只能按照他们自己的方式进行。为了结束冲突，威震天被迫考虑使用塞伯坦所有生命和力量的源泉火种来“重新格式化”汽车人，从而“统一”塞伯坦。在寡不敌众、枪械落后的情况下，疲惫不堪的汽车人在“围攻”之下，精心策划了一系列绝望的反击，以执行一项任务，如果一切顺利，最终将做出一个不可思议的选择：为了拯救他们的星球而杀死它。

这是汽车人和霸天虎之间毁灭性内战的最后几个小时。撕裂他们的家乡塞伯坦星球的战争正处于转折点。两位领导人，擎天柱和威震天，都想拯救他们的世界并统一他们的人民，但只能按照他们自己的方式进行。为了结束冲突，威震天被迫考虑使用塞伯坦所有生命和力量的源泉火种来“重新格式化”汽车人，从而“统一”塞伯坦。在寡不敌众、枪械落后的情况下，疲惫不堪的汽车人在“围攻”之下，精心策划了一系列绝望的反击，以执行一项任务，如果一切顺利，最终将做出一个不可思议的选择：为了拯救他们的星球而杀死它。

头领战士分别加入两派，形成新的对抗，擎天柱牺牲。巨无霸战舰出现，汽车人取得战略优势。撒克巨人开始露面，阴谋争夺权力。惊破天在地球北极战斗中被深埋在冰川下。撒克巨人掌权，秘密制造巨型变形金刚。撒克巨人躯体完成，巨无霸伏特使出了玛斯塔剑击败撒克巨人。火星被霸天虎炸毁。补天士传位于巨无霸福特，流浪宇宙。撒克巨人秘密制造对抗玛斯塔剑的撒克盾，成功抵挡巨无霸。霸天虎暗中抵达地球，策划终极的爆炸地球计划，汽车人奋勇保护，最后在南极决斗中，以团结的力量摧毁撒克巨人

微型传说的战斗已经过了十年。在地球上，汽车人战士们发现了新的能源，也就是被称为“能量晶体”的奇特能源。在此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采触进攻，也就在此时，密卡登转生成为惊破天，并且重新集结霸天虎成员 世界变成了汽车人、霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。