圣斗士系列的延续，圣斗士星矢Ω以新一代圣斗士的战斗故事为主线，讲述天马座青铜圣斗士光牙和同伴们不畏艰险，共同对抗企图挟持女神雅典娜、毁灭世界的邪恶势力玛尔斯的故事。

当世界遍布邪恶之时，必定会出现希望的斗士—圣斗士。很久以前，由数位少年来保护雅典娜女神，他们被称为“雅典娜的圣斗士”，用他们的身体作为武器，他们的拳头能划破长空，他们的腿能把大地分割开。而现在，拥有信念、勇气和力量的少年们，以新的圣斗士姿态重生！70后与80后乃至90后的人们，都曾经被车田正美这部代表作品中热血与牺牲所触动。一直到现在，依然还有许多喜欢它的人们。

在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

本动画是《圣斗士星矢》30周年纪念作。与冥王哈迪斯战斗时，为给星矢他们打开突破口，12位黄金圣斗士舍命破坏了叹息之墙！然而，已逝的艾欧利亚和其他黄金圣斗士却在阳光普照的美丽大地上复活！2015年，黄金小宇宙终于苏醒！

在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗！

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。