最后的时刻即将来临！距离弑神之箭刺穿雅典娜的心脏只剩下五个小时了。唯一能够拯救雅典娜的人，就是坐在圣殿顶端的教皇。不过，星矢和四位青铜圣斗士们要想到达教皇厅，就必须突破黄金圣斗士守护的十二宫。距离抵达教皇厅前还有五座宫殿。星矢和他的朋友们能否击败阻挡他们的强敌，到达隐藏着令人震惊的真相的教皇厅？

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。 另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。两年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。

转世来到修仙世界，韩绝发现自己带着游戏属性，竟然可以通过摇骰子刷新灵根资质与先天气运，韩绝为了长生，决定悄悄修炼，不出风头。但宗门有劫难之时，他却挺身而出。千年后，修真界一代换一代。当仙界清理凡间时，

从神话时代起，每隔两百多年女神雅典娜和冥王哈迪斯之间就会发生异常规模宏大、惨烈非常的圣战。距今（1990年）243年前，也就是上一次圣战发生的时候。在欧洲某修道院内，曾经生活三个好朋友，分别是亚伦、亚伦的妹妹萨沙和日裔少年天马。看似平凡的三个少年却有着极不平凡的身份。萨沙很小时候便被希腊的访客带去圣域，原来她便是雅典娜女神的转世；天马功夫高强，正义勇敢，完全凭借自己的能力领悟了小宇宙，并由天秤星座黄金圣斗士童虎带回圣域修炼，最终成长为天马星座圣斗士；亚伦酷爱画画，一心画出完美的作品，而灵魂中冥王哈迪斯的意

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

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本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。

射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的驱使下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。