在静觉寺清幽严肃的环境中，空智大师（刘家辉）正主持佛学并教导一班小和尚勤练功夫，健体强身，惟当中肥仔清凉顽皮的性格街知巷闻，结果因贪玩game boy 而遭师父惩罚。 心心不愤的清凉欲到空智房间偷回游戏机，得师兄清心（刘赐才）帮助才免被师父责怪。原来，两人一直希望走到外面的花花世界见识，就在一次机缘巧合下，清心与清凉流浪香港，并遇上女扒手Money（李婉华）。她眼见面前小僧功夫了得，且无家可归，遂决定暂时收容及教晓他们扒手技术，联同邻居小孩宝宝（李晓彤）一同出外揾食，可是小和尚行事时却乌龙百出，闹出不少笑

百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上……随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始……

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了红花会总舵主，并追杀五个孩子……

故事发生在清朝年间，皇帝病重，需要用小活佛体内的舍利子方能医治。得知此事的五王爷找到了少林寺方丈，命他交出小活佛，方丈不从，五王爷出兵血洗了少林寺。受方丈所托，欣宜带着福仔、神通和纯子等十八个小和尚踏上了逃亡的旅途，小活佛就在他们其中。知道小活佛真实身份的只有已经还俗的三德师父，欣宜一行人向他所居住的古龙镇进发。那边厢，五王爷派出刺客紧随其后。在危难之际，欣宜等人被名为德荣的男子所救，德荣传授给了小和尚们一套醉拳，帮助孩子们打开了新世界的大门。