明末，农民起义风起云涌，关外满族又蠢蠢欲动，世间生灵涂炭，明朝守将关志远被叛徒出卖，被敌人里应外合，边关失守，致使全军覆没。危难之际，唯一的儿子关少龙被少林寺的高僧救起。关少龙身负国仇家恨，在少林寺苦练武功，十年之后，当他学成期满时，按照少林寺的规矩，只有经过少林寺十八铜人巷的考验才可以下山。经过艰苦奋战，少龙终于如愿以偿。而这时他也知道父亲当年是被一奸细出卖，而这奸细如今已经是高官而且武功奇高，凭借勇气和不服输的劲头，经过一场血战，终于手刃仇人，报了血海深仇。

明末，明将吴三桂卖国降清，清官招降纳叛，广收武当、峨嵋派的江湖败类，勾结地方恶霸，向少林子弟赶尽杀绝，洪、方、胡等处在重重危机险恶之中。

清雍正私改诏书，谋夺帝位。传少林寺，苦练少林上乘功，图闯出通天门。然少林寺十八铜人阵攻守林严、武功变幻莫测，以雍正武功，能否 闯关成功？而他习得一身少林武学，又会否贻害武林……

南北朝时期，连年战乱。一悟道高人，姓姬，名神光，看破红尘，欲皈依佛门，来到少林，要求达摩方丈为之剃度出家。姬神光在雪中侍立三天三夜，达摩方丈不愿收留，说，要我收你为徒，除非天降红雪。姬神光出家决心已定，乃自断左臂，天遂降红雪。达摩为他的诚心所感，遂收为弟子，赐法名慧可。十五年后，达摩已圆寂，慧可成为少林寺第二代方丈。手下有五个得意弟子：依序为：惠橼、惠石、惠努、惠忍、惠空。都习练武功，各怀绝技。慧可方丈潜心清修，禅悟精深，成了当朝太后的经师，经常进宫为太后讲经说法。洛阳王高奇是方丈的故旧相识，来找慧可方丈

武当败类白眉道人、冯道德、雷老虎等人勾结清廷，甘受驱使残杀武林中人。方世玉之父母方济亨、苗翠花、胡惠干之父皆为败类所杀。最后武林自相残杀，出现一幕令人怵目惊心的大结局。

北少林棍僧智明（李连杰 饰）为报父母之仇，日日苦练功夫，他天性纯良聪明，深得师父器重。这天，智明收下的一班顽童“徒弟”向他报信，声称退隐多年的赫索王爷再度出山摄政，智明听闻杀父仇人消息怒发冲冠，随即下山为赫索祝寿伺机行刺。与此同时，和智明一样与赫索有血海深仇的莆田南少林俗家弟子司马燕（黄秋燕 饰）亦北上刺杀赫索，南少林派出另一俗家弟子赵威（胡坚强 饰）暗中接应与保护司马燕。在赫索的寿诞庆典上，智明、司马燕与赵威等人联手行刺，却仍然功亏一篑，三人在重重围堵中逃出，而路上，智明发现司马燕居然是他指腹为婚的未婚

清朝年间，少林与武当都拥有极多高手。少林以反清复明为志，武当派则甘作满清鹰犬，因而两派处于敌对局面。旗人青年童千斤（罗莽），因自幼是孤儿，遭受同族欺侮，故对族人怀恨极深，投身少林寺习武。他联络同门师兄弟胡惠干（江生）等进行反清复明工作。武当派高手为了对付少林弟子，亦派出门下弟子分批下山，与童相遇掀起一场又一场的打斗……

阿松自幼随父学武，天资颖异，惜不肯下苦功鍜练，徒具架式中看不中用，喜卖弄小聪明，仗其父为两广民团总教练，终日四处招摇，常率家丁惹事生非，终得罪龙英被教训一塲离家出走，遇百忍和尚在市面招摇，自翊少林高僧，实乃江湖骗子，钱央求和尚传授少林真传又被和尚所骗，在父亲面前逞强，岂料又出失败，后在和尚的劝导下，苦练家传拳法，吐气扬眉，光宗耀祖。

本剧的导演袁祥仁是香港著名的"和平电影公司"的台柱子，他作为武术导演，指导过的电影《新龙门客栈》以及电视剧《水浒》、《太极宗师》等都在国内产生很大的影响。这次由他的"袁家班"来指导古装武打剧《南少林》，他独特的设计和精彩的绝活，势必回赢得广大观众欣赏和喜欢。雍正年间，闽粤地区形势动荡，"天鹰帮"敛巨资广纳武林人士，为朝廷一大腹患。南少林也被吸纳其中。雍正决定派他最得意的两位皇子--三阿哥弘时、四阿哥

皇帝（吴大维 饰）封芊芊（张庭 饰）为皇后，用“重翟车”接她进宫，谁知道竟然遇上了刺客，所幸车中被乱刀砍死之人并非芊芊，而是一个无辜的小宫女。那边厢，芊芊居然不愿意进宫享受荣华富贵的生活，再加上她苦心经营的书院以倒闭告终，心灰意冷的芊芊决定出家。芊芊来到河南少林寺，却被住持告知女子不能当和尚，在少林寺大闹了一番后，芊芊遇见了古灵精怪的小和尚无忧（贾一平 饰），两人交谈甚欢，相见恨晚，无忧跟着芊芊下了山，同时带走了寺中的镇山之宝，一时之间，江湖众人蠢蠢欲动，将矛头指向了毫不知情的两人。与此同时，先前刺杀芊芊