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将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织FootCla，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！

一天，孤儿院找到了塞莱斯蒂娜，希望她可以收养小卡拉代克·保罗。塞莱斯蒂娜认识保罗的亲生母亲，也正是因为这个原因，她不想收养保罗。但看到了保罗在孤儿院的悲惨境况之后，她最终决定冒险收养他。她隐瞒了保罗的身份，将他带到了自己工作的庄园里生活。塞莱斯蒂娜的丈夫博雷尔是森林警察，他尽忠职守地守护着森林里的猎物，对偷猎者深恶痛绝，他尤其厌恶托托什。不同于博雷尔的死板保守，托托什聪明敏捷，屡次逃脱博雷尔的追捕。博雷尔明知他是有罪的偷猎者，却无奈没有证据可以将他绳之以法。保罗在塞莱斯蒂娜的安排下结实了托托什，二人成了忘