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近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯发明了名为纳罗脉的微型机器人，该机器人威力巨大。北大西洋公约组织武器研究所对此颇感兴趣，向MARS集团购买了四颗纳罗脉弹头。运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。在弹头即将被抢去之际，另一组神秘人马阻止了武装分子的计划，并解救了护卫队仅剩的两名成员公爵和开伞索。解救公爵的正是霍克将军所统率的特种部队，公爵和开伞索请求加入该部队，以血前耻。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。