被称作奥特黑暗杀手的黑暗魔人，具有创造奥特战士的黑暗战士的能力。赛罗奥特曼和格丽乔奥特曼落入了黑暗杀手之手。 为了应对这场危机，泰罗奥特曼召集了“新世代英雄”，银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼，以及银河救援部队的利布特奥特曼作为辅助。 “新世代英雄”与“黑暗军团”之间的战斗将开始。

宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。

尤莉安公主被阿布索留特人掳走后，宇宙警备队与银河救援队一起展开了救援行动，奥特联盟的成员也为了即将到来的大战而努力进行特训。与此同时，新生代的战士们带着新的任务，在宇宙各地搜集恶魔碎片。来自王国的阿布索留特塔尔塔洛斯复活了亡灵基纳，他在策划一场新的阴谋。他向光之国发出了最后的通牒，希望光之国马上投降，不然尤莉安公主将会陷入危险。就在此时，阿斯特拉通过宇宙拳法，终于发现了王国的坐标。救援尤莉安公主的行动迫在眉睫，奥特之父命令救援队立刻前去王国母星拯救尤莉安公主。救援队到达王国母星后遭到了敌人的围堵，而他们在

扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利

尤莉安公主被阿布索留特人掳走后，宇宙警备队与银河救援队一起展开了救援行动，奥特联盟的成员也为了即将到来的大战而努力进行特训。与此同时，新生代的战士们带着新的任务，在宇宙各地搜集恶魔碎片。来自王国的阿布索留特塔尔塔洛斯复活了亡灵基纳，他在策划一场新的阴谋。他向光之国发出了最后的通牒，希望光之国马上投降，不然尤莉安公主将会陷入危险。就在此时，阿斯特拉通过宇宙拳法，终于发现了王国的坐标。救援尤莉安公主的行动迫在眉睫，奥特之父命令救援队立刻前去王国母星拯救尤莉安公主。救援队到达王国母星后遭到了敌人的围堵，而他们在

本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？与“泽塔奥特曼”的故事相联结，新的奥特历史开始了！