本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？与“泽塔奥特曼”的故事相联结，新的奥特历史开始了！

在遥远的未来，人类已将文明扩展至宇宙中诸多行星。某日，宇宙盘龙号运输船奉命前往调查突然通讯断绝的行星波利斯，却在接近时遭遇神秘能量冲击，不幸坠毁于该星球。然而船员们发现波利斯行星上的基地已然毁灭，早已灭绝的怪兽随处可见，整个行星沦为怪兽横行的法外之地。正当众人惊愕失措之际，一位能够召唤怪兽作战的神秘青年“雷”悄然现身……

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

被称作奥特黑暗杀手的黑暗魔人，具有创造奥特战士的黑暗战士的能力。赛罗奥特曼和格丽乔奥特曼落入了黑暗杀手之手。 为了应对这场危机，泰罗奥特曼召集了“新世代英雄”，银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼，以及银河救援部队的利布特奥特曼作为辅助。 “新世代英雄”与“黑暗军团”之间的战斗将开始。

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。

宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。

尤莉安公主被阿布索留特人掳走后，宇宙警备队与银河救援队一起展开了救援行动，奥特联盟的成员也为了即将到来的大战而努力进行特训。与此同时，新生代的战士们带着新的任务，在宇宙各地搜集恶魔碎片。来自王国的阿布索留特塔尔塔洛斯复活了亡灵基纳，他在策划一场新的阴谋。他向光之国发出了最后的通牒，希望光之国马上投降，不然尤莉安公主将会陷入危险。就在此时，阿斯特拉通过宇宙拳法，终于发现了王国的坐标。救援尤莉安公主的行动迫在眉睫，奥特之父命令救援队立刻前去王国母星拯救尤莉安公主。救援队到达王国母星后遭到了敌人的围堵，而他们在

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。

路基艾尔、埃塔尔加等曾经的奥特战士宿敌接连苏醒，神秘的黑暗奥特战士也相继登场。新生代英雄们遭遇了不测，是谁在背后操纵着这一切？

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同