晚清末年，大清帝国摇摇欲倒。面对外敌来袭，慈禧太后鼓励民间习武抗敌。李鸿章为了逢迎太后，举办起一年一届的“狮王争霸”大赛。“狮王争霸”其实就是各门各派舞起狮子头，以武力争夺锦标。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。

一日，黄飞鸿与众徒弟前往茶楼饮茶，见到父女两人在外卖艺。黄飞鸿甚为欣赏，遂命徒弟打了赏钱。父女二人上前道谢，认出了大名鼎鼎的黄飞鸿师傅。夜晚，父女二人无意间听到俩僧人在谈论黄飞鸿的只言片语，就一路跟踪到能仁寺。在寺庙内，两人发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救…