为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往下九霄的地心寻找五灵元素来解决这个危机……

英雄团耗尽了超星护符的能力，依然无法打败聂墨西斯。猪猪侠等人没有放弃，选择暂时撤退，去寻找修复护身符的办法。他们在蓝月星各处见识了缺水环境里水族居民的苦难生活，帮助他们解决了生存的难题。蓝月星人的感激与满足汇聚成最纯净的“生命之水”令护身符重生。众人通过历练彻底掌握了护符的能力，最终将篡夺了聂墨西斯力量的糕力击败，成功拯救蓝月星。

猪猪侠接到新任务，就是在神秘而美丽的南海搜集寻找各种海洋生物，调查并记录它们的生存环境和独特行为。为了保护海洋生态环境、记录大开眼界的见闻，猪猪侠与伙伴阿五、聪聪组成探险小队，不但要面对海底世界的种种困难，还要与一个叫坏坏博士的竞争者斗智斗勇。

《猪猪侠之南海日记 第二季》是猪猪侠全新番外科普系列动画片，讲述了超星特工猪猪侠和阿五结束恐龙世界的探险后，前往神秘的南海，调查海洋生物、完成记录的探险故事。

猪猪侠和伙伴们每个人都有不同的职业，外星人潜伏在人们身边的各个角落，会以各种匪夷所思的方式出现。而这一切，究竟是怎样发生的呢？猪猪侠必须带领伙伴们一一去揭秘…