一代宗师黄飞鸿正恶战贩卖鸦片的汉奸、洋人，却意外落入时空隧道，误闯当代毒贩交易现场。陷入时空困境武艺尽失的黄飞鸿，机智侠义的准警校学员林耀辉，古灵精怪的瑜伽师，无辜卷入的咖啡店员，面对时空穿越学来一身武艺的黑帮头领，布下天罗地网的贩毒集团，一场恶斗一触即发……看摩登黄飞鸿如何寻找时空之门中遭遇凶险搏杀，行侠仗义，找到回家的路。

这是黄飞鸿年轻的故事，他注定成为时代的宗师，在武侠世界中一个永恒的传奇。 1868年的清末，朝廷腐败让人民生活备受煎熬。在广州，黑虎帮和北海帮子两大恶势力横行于黄埔港。他们以暴力威胁统治在港口的穷苦人民，让他们生活在水深火热之中。黑虎帮的老板雷公（洪金宝 饰）视黄飞鸿（彭于晏 饰）如己出，但阿飞背后另有故事，心中更另有计划。他和肝胆相照的朋友们设了陷阱，救出穷苦的人们，更公开与雷公进行生死决斗。

清朝末年，朝廷外忧内患，急需聚集民心，激发人们的爱国热情拥护朝廷。慈禧太后为了宣扬国威、鼓励习武之风，在李鸿章的提议下决定举办一场举世瞩目的狮王争霸赛。 黄飞鸿携十三姨、徒弟梁宽进京与父亲黄麒英相叙，并协助开办“宝芝林药厂”事宜。在马家堡车站与黄飞鸿同行的十三姨遇见了老同学俄国人杜文奇，他表面在领事馆做翻译，实际上是一名间谍。后得知俄国人欲刺杀李鸿章，民族大义在前，毅然参加狮王大会，并成功救下李鸿章并说明治国策略的故事。

清朝末期，清政府由于闭关锁国导致经济衰退。黄飞鸿因民族大义、家国情怀而错过与十三姨的婚事，导致十三姨心灰意冷出走上海。黄飞鸿为了寻回十三姨加上找回丢失的墨龙图也随后前往上海。十三姨来到上海投奔了自己的外国同学皮特，多年来皮特一直对十三姨心存爱意，对十三姨的到来十分的开心。但十三姨心中还是惦记着黄飞鸿。而在寻找墨龙图的过程中，黄飞鸿陷入黑帮纷争，遭人陷害不幸入狱...

广州宝芝林馆主黄麒英惩恶济世，受人景仰，唯妻娴、子飞鸿好闯祸，常令英啼笑皆非。一次足球比赛，鸿误伤校长，被勒令退学，得乡绅纳兰天相助，鸿方得复学，英、天惺惺相惜。武举人梁威荣归，风头被英所抢，其子梁宽在校又被鸿欺负，对英一家深表不满。赠灾义演，威、鸿生误会大打出手，竹棚因而倒塌，村民走避不及，酿成巨灾。

鸦片战争前夕，大侠黄飞鸿（王珏 饰）协助钦差大人林则徐（鲍方 饰）查禁鸦片。十二贝勒（熊欣欣 饰）勾结烟商决定亲自来广州对付黄林二人。广东富商苏仁（吴孟达 饰）的儿子苏灿（甄子丹 饰）武功了得，苏灿的女友戴懿德（袁洁莹 饰）刚从国外回国，遭到火莲教袭击，苏灿为救女友用巨型炮仗炸毁了太平鼓还伤及了无辜。黄飞鸿得知此事后找到苏灿理论，苏灿对黄不满矛盾由此而生。十二贝勒知道两人不和趁机挑拨，想利用苏灿对付黄飞鸿。暗恋苏仁的小姨峭牙珍（陈淑兰 饰）因为误会率领众人去破坏戴懿德的妇女会，与此同时戴发现了十二贝勒的阴

一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。

黄麒英中年得子，取名飞鸿。期望飞鸿有所作为，因此对飞鸿从小就很严厉。而飞鸿小时候很顽皮，一直都是利用小聪明练功偷懒。但是医馆里的梁婶，林凯等人又都非常疼爱飞鸿。加上青梅竹马的十三姨，和死党二愣子的掩护。经常偷摸着出去撒野。因此也没少挨黄麒英的惩罚。少年时期的黄飞鸿虽然贪玩，但是为人富有正直善良侠义心肠，飞鸿依然疏于练功，而十三姨叛逆，古灵精怪的性格一直不满于古训女子无才便是德的说法。决定出国留学。飞鸿上集市游玩，遇见一帮地痞收取保护费不成而殴打猪肉荣和牙擦苏。飞鸿毅然出手教训了这些地痞。而飞鸿的身手让猪肉

晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？刘家辉饰黄飞鸿刚从西方回来的十三姨，带给黄飞鸿更大的冲击。十三姨精通洋文，生活西化，甚至还学会西洋射击、剑术，这些，不仅使黄飞鸿耳目一新，更令黄飞鸿的徒弟们大开眼界，他们决心要适应潮流，跟上潮流，做与时代并进的青年。这些，顿时使人到中年的黄飞鸿无所适从。

清末，宝芝林所在的广东地区出现饥荒，不料朝廷的赈灾银两却被一伙不知名的贼人所劫。黄麒英和知府到现场查探，根据在案发现场得到的蝙蝠形状的飞镖，判断此案有可能是江洋大盗黑蝙蝠所为。真正的黑蝙蝠（李淮南）知道自己被人嫁祸，也带着跟班梁宽来到广东，希望暗中调查，为自己洗脱冤屈。他一方面以医生的身份救济灾民，一方面以黑蝙蝠的身份，劫富济贫，暗夜来到各大商行和知府家中，逼迫他们捐出银两，来解除广东的灾情，商行和知府惶惶不可终日，只得捐出大量银两。其实，假冒黑蝙蝠，劫走赈灾款的幕后真凶是八王爷，他企图用劫来的银两购买武