六王毕，四海一。然天下虽定，乱世未绝。天下第一剑客，始皇帝的近卫盖聂，携故人之子荆天明，为躲避秦始皇的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。逃亡路上，天明结识了楚国少年少羽，信奉兼爱非攻的墨家众高手，还有身世成谜的少女高月等人。年少的天明对自己的身世和未来将要经历的一切一无所知，但一个关乎诸子百家，甚至是天下命运的画卷已经展开。

特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》由玄机科技为畅游网页游戏《秦时明月WEB》倾力打造，是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事，讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。