故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

在遥远的神话时代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯无一不在觊觎人类赖以生存的大地。身为大地守护神的雅典娜，与他们展开连番战争。与此同时，人类中一些骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们拳可以撕裂天空，脚能够踩裂大地，这群不用武器、完全凭借赤手空拳战斗的少年被称作“雅典娜的圣斗士”。从神话时代开始，雅典娜和圣斗士们就与无数邪神展开无数次的圣战。时间到了现代，星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中不断成长起来，他们打败了阴谋篡位的教皇、意欲淹没大地的海神波塞冬，对抗企图带来永久黑暗的冥

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。