変わらない日常、閉じこめられたガラス張りの移民船団。西暦2059年、新天地を目指す銀河移民船団「マクロス・フロンティア」で、パイロットを目指す少年「早乙女アルト」は閉塞感を覚えていた。　そんな時、銀河頂点の歌姫「シェリル・ノーム」のコンサートツアーが船団へやってくる。シェリルに憧れる少女「ランカ・リー」とともに、アルトはコンサート会場にいた。　突如、重機甲生命体「バジュラ」の襲撃を受け燃え上がる船団。　少女たちを護るため、アルトは最新型可変戦闘機VF-25に乗り込む。炎を切り裂き飛びゆく先には、宇宙を揺

《 恋离飞翼》剧情紧接着《虚空歌姬》，时间大约为第一部完结之后1个月，故事描述了主人公早乙女阿尔特他们与不明宇宙生物“Vajra”之间最后的战役。故事的结局是，阿鲁特拒绝了兰花的爱，对雪露表明自己的心意：雪露，也许有点晚，我对你。。。。爱。。。。最后，阿尔特生死不明（被Vajra女王fold走），雪莉露也昏迷不醒（在播放到111分40秒左右，会出现雪莉露的声音，并与兰花同台演唱。“听我们的歌吧！”），大家一起期待着他们的回归吧。

骑兵队长约克驻守在德克萨斯州的要塞里，负责新兵的训练，然而与印第安人发生了军事磨擦，15年未曾谋面的儿子也加入了他的部队，妻子Kathleen Yorke（玛琳·奥哈拉 饰）也迫不及待的搬入了要塞。在家庭矛盾面前，他顽固的军官性格差点毁了整个家庭，妻子想要带着儿子离开这里，他却坚持留下来参加战斗，最终很多年后他们重归于好。在经过一番努力终于出现家庭的完美结局的同时，战斗也以印第安人的失败而告终……

在突然出现的未知生命体面前，人类突然面临灭亡危机，而后经过了漫长的岁月。幸存下来的人们为了摆脱未知生命体的威胁和侵害，建造了高度为3000M的巨大移动要塞“DECA-DENCE”，过上了平稳的日子。住在“DECA-DENCE”里的分为两种人，日夜与未知生命体战斗的战士“Gear”以及不具有战斗能力的“Tanker”。梦想着自己也能成为“Gear”的“Tanker”少女夏目，在某天与态度冷漠的“DECA-DENCE”修理工镝木相遇……

骑兵队长约克驻守在得克萨斯州的要塞里，与印第安人发生了军事磨擦，儿子加入了他的部队，妻子也迫不及待的搬入了要塞。在家庭矛盾面前，他顽固的军官性格差点毁了整个家庭，但最终重归于好。在出现家庭的完美结局的同时，战斗也以印第安人的失败而告终……

西历2067年，新的故事即将上演。银河系边境行星的中心、失去自我而狂暴化的“Bajura”症候群扩大化。眼见事态严重，星间复合企业体为控制症状，以少女们的“战术音乐组合walküre”与共同作战的“Valkyrie部队”一起集结。另一方面，“风之王国”被称为“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始有所动作。“普罗多卡迪的遗产”引人思考的问号中、越过星辰，热烈的爱与友情的故事扬起了帷幕。

在與傑特拉帝人（ゼントラーディ）的戰爭結束80年之後，地球即將遭到新的外星人馬爾杜克（マルドゥーク）（Marduk）侵襲；地球統合軍依照以往的成功模式，採用「林明美攻擊」試圖擊退對方，卻驚訝的發現馬爾杜克軍也是利用歌聲驅使戰鬥部隊，且威力更勝過「林明美攻擊」，地球遭遇到前所未有的危機。電視記者神崎響在戰鬥中冒險深入戰線報導，親眼目睹地球統和軍節節敗退，因緣際會闖入了敵艦並解救了一位昏迷的女性伊絲蒂。