夏目偶然与同学结城重逢，回忆起了被妖怪缠身的记忆。此时，夏目认识了津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子一同过着平稳的生活。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着妖怪。寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个……

这是一段，关于曾经、关于未来的故事。

结城友奈每天早上起床、做好准备出门上学、上课、参加社团活动、和朋友一起玩……她就是这样每天过着普通日常的中学2年生。

故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。

拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情……在每集动画中的片尾都有“菌剧场”。