好朋友米娅和梅尔经营着自己白手起家的化妆品公司，过着最好的生活。不幸的是，他们在财务上陷入困境，而化妆品行业臭名昭著的巨头克莱尔(海耶克饰)提出的巨额收购要约太过诱人，这让俩人的终身友谊岌岌可危。

在遥远的神话时代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯无一不在觊觎人类赖以生存的大地。身为大地守护神的雅典娜，与他们展开连番战争。与此同时，人类中一些骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们拳可以撕裂天空，脚能够踩裂大地，这群不用武器、完全凭借赤手空拳战斗的少年被称作“雅典娜的圣斗士”。从神话时代开始，雅典娜和圣斗士们就与无数邪神展开无数次的圣战。时间到了现代，星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中不断成长起来，他们打败了阴谋篡位的教皇、意欲淹没大地的海神波塞冬，对抗企图带来永久黑暗的冥

海格力斯是宙斯的儿子，天生拥有神力，力大无穷。冥王哈迪斯企图叛变，他将海格力斯视作最危险的敌人，于是借机将他贬为凡人，想就此将他消灭。然而，哈迪斯的阴谋并没有伤害到海格力斯，尽管变成了凡人，但在他的身上依旧保留着神力。当他发现自己的真实身份和过往后，善良而富有正义感的海格力斯决定重返奥林帕斯山，然而这谈何容易。一次偶然中，海格力斯结识了名为梅佳拉的美丽女子，可是梅佳拉的真实身份竟然是哈迪斯的手下，通往奥林帕斯山的道路充满了荆棘，海格力斯最终能够抵达目的地吗？

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。

不堪忍受奥林匹斯众神残暴压迫的阿戈斯国王亚克里斯奋起反抗，对至高无上的神明大为不敬。在冥王哈迪斯的怂恿下，天神宙斯决定对愚蠢的人类施以惩罚。遭遇海难流落到阿戈斯的青年珀修斯是宙斯和亚克里斯的皇后生下的半神，他亲眼目睹哈迪斯所施下的恐怖神迹，并得知哈迪斯将释放北海怪兽克拉肯惩戒世人，除非亚克里斯将美丽的公主安德鲁美达作为牺牲献给众神。在女神爱娥的点拨下，珀修斯知晓了自己的身世与使命，于是决定启程杀死北海怪兽并摧毁哈迪斯的阴谋……