宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来…