变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难。四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝，自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系。这场生化丧尸危机该如何解除

马文是曾经受“蟑螂”引起的“使兹克病毒”感染的小孩幸存者之一，如今已长大成人。随着其住所附近一些人士的失踪，马文越来越开始相信这种变种昆虫又已重返并肆虐人间。为了求生，为了保护家人和所爱的人，马文虽重病缠身无法离家，却要先发制人消灭这种可怕的生物。

繁华大都会纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

上古遗留神秘物种灵蝶族因人类污染几乎种族灭绝，仅存的雌体蝶飞儿也因基因突变成为雌雄同体的怪物。为了怀上灵胎，蝶飞儿不惜消耗元气与人类交合，并使用灵蝶异能量巫术向人类发起攻击。就在这时她突然发现失散多年的青梅竹马的伙伴雄性灵蝶林子凡，竟与仇人的妹妹悠悠相恋。为了让林子凡回归灵蝶族，并与其孕育纯正的灵蝶后代，蝶飞儿把悠悠囚禁，并利用巫术伪装成悠悠迷惑林子凡，却深陷爱河无法自拔。当林子凡发现真相后，逼迫蝶飞儿交出悠悠，并致蝶飞儿毁容。蝶飞儿一怒之下雄性基因被激发，开始疯狂的报复，并向污染的始作俑者——顾卫华发起

影片将故事背景设定在20年后的未来世界，故事从一家野味饭店开始讲起，一群贪婪的食客们本来打算享受一顿野味大餐，暴怒的变异巨蜥却冲破铁笼成为了真正的猎食者，故事创作团队以夸张的手法，以巨大的变异生物喻指环境污染后出现的种种危害。在影片中，善良的捕鼠专家阿发历经重重困难，终于制服了巨蜥，贪婪的食客们也得到了应有的惩罚。

一千年前的世界彻底坍塌了。战争，饥荒，和贪婪杀死人类。没有太多的仍然是除了突变体，败类，和机器人的人。人类是一个久违的概念。每个人都必须杀死的生存。即使圣诞老人。

最近，在曼哈顿发生了一连串的离奇死亡事件，而这些事件的主要责任竟要归结到一对对此毫不知情的昆虫学家夫妇苏珊（米拉·索维诺 Mira Sorvino 饰）和皮特（杰瑞米·诺森 Jeremy Northam 饰）的身上。　　原来，为了抵抗曾经在曼哈顿肆虐的疫情，苏珊和皮特创造出了一种名为“犹大”的昆虫，这种人造昆虫没有繁殖的能力，却能够消灭病毒的携带体蟑螂。令两夫妇没有想到的是，在犹大的体内发生了未知的变异，使得它不仅拥有了繁殖后代的能力，甚至可以化身成人类的模样进行狩猎，而它们的猎物不是别人，正是人类本身。

城市需要英雄来拯救，黑暗降临纽约，大反派施莱德和他率领的异族用铁腕压制一切，从警察到政客都被其所控制。神龟们和无畏的女记者爱普莉尔以及聪明的摄像师菲诺通力合作，摧毁施莱德的恐怖计划，让这座城市重新恢复宁静。

机甲大战变种异煞，正式开战。