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一位单亲母亲（哈莉·贝瑞 饰）与两个孩子生活在与世隔绝的林中小屋。她告诉孩子外面的世界已经毁灭，森林里生活着一些危险的超自然怪物，唯一可以保护他们的方法是用几根长绳子将他们与屋子紧紧连在一起。妈妈反复

讲述了月球被一股神秘力量驱使离开原先的运行轨道向地球飞来，重力失衡，地球如末日一般，而在众人都绝望放弃希望之时，一支看似乌合之众的小队决定为保卫地球和人类展开最后一战的故事。

变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击，而这一切的根源是“魔形女”瑞文在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克。X教授和万磁王决定让金刚狼穿越回1973年，说服他们一起阻止魔形女的行动。

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

年轻干练的萝温娜·普莱斯（哈莉·贝瑞HalleBerry饰）是《纽约快报》的一名记者，她秉持正义，疾恶如仇。在一宗参议院同性恋性丑闻的报道被撤下后，萝温娜大发雷霆，一气之下辞去工作。在当晚，萝温娜邂逅多年未见的童年好友葛瑞丝，但一周后却得知葛瑞丝死于非命。葛瑞丝死前曾提到广告业巨头哈利森·希尔（布鲁斯·威利斯BruceWillis饰）的名字，她与这个男人在网上结识，曾有过一段不伦之情。被对方甩掉后，葛瑞丝扬言要将奸情告诉哈利森的老婆。萝温娜判定这是一起谋杀案，她找来报社的搭档——同时也是网络高手——迈尔斯

时光飞逝，一转眼，艾格西已经成长为了一名出色而又可靠的特工，他和蒂尔德公主之间的感情也愈演愈浓，两人眼看着就要携手步入婚姻的殿堂。就在这个节骨眼上，前特工查理杀了回来，如今的他效力于一个名为“黄金圈”的贩毒组织，组织头目波比是一个邪恶而又野心勃勃的女人。查理查出了金士曼的所有据点，用导弹将它们全部摧毁。幸存的艾格西和梅林千里迢迢远赴美国，向潜伏在那里的联邦特工寻求帮助。波比种植了一种含有毒素的大麻，将它们输送往世界各地，当瘾君子们体内的毒素渐渐发作后，波比以此为筹码，正式向政府宣战。

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类

变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击，而这一切的根源是“魔形女”瑞文在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克。X教授和万磁王决定让金刚狼穿越回1973年，说服他们一起阻止魔形女的行动。