这一季延续了前作的故事。所有变形金刚的火种都来自于矩阵，当他们死亡时，火种会回归矩阵，记忆也会伴随火种一起回归，矩阵会把这些记忆分解成数据进行分析，在分析中不断进行自我学习，最终实现系统的升级换代。擎天柱摧毁了他的世界，他必须在矩阵发生之前面对后果。巨无霸在击败巨狰狞后返回赛博坦星球，却发现所有居民的火种都被囚禁。擎天柱、黄豹和黑寡妇被迫变回兽形态，并失去了大部分记忆。他们在地下发现了核心电脑，那是一种超级计算机，从中可以获得新的科技有机体形态。巨无霸必须解放被囚禁的火种，帮助同伴银箭和犀牛解开自己的命运

400万年前，为了逃离战乱连年的塞博坦星，被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族驾驶宇宙船飞离了星球，然而，他们的太空船穿越时空之后，却坠落在地球上。r400万年后，一位名为雷德的地球少年和同学们不经意在太空船中发现了其中一架微型金刚，微型金刚复活的讯号也在同时传到了汽车人和霸天虎手上，为了争夺微型金刚，两军前往地球，并且继续在塞博坦星的战争......r

本剧描述世界出现一个新的变形金刚种族，他们得在博派、狂派、以及收养他们的人类之间，找到属于自己的位置和目标。马尔托家的少年兄妹莫和罗比在山洞中发现了一个发光的水池，池中有块石头。山洞里有神秘的声音称之为“希望的遗产”。之后，兄妹俩无意中激活了石头。奇怪的卷须从石头中冒出来，缠绕在孩子们的手臂上，然后融合成奇怪的机械手套在他们的手臂上。更令人震惊的是，两个小型变形金刚原身体开始从水中的能量中形成。他们就是地形者。兄妹俩决定把他们带回家，重要的任务是教他们学做变形金刚。当第一批地球诞生的变形金刚机器人人族焕发

本剧描述世界出现一个新的变形金刚种族，他们得在博派、狂派、以及收养他们的人类之间，找到属于自己的位置和目标。马尔托家的少年兄妹莫和罗比在山洞中发现了一个发光的水池，池中有块石头。山洞里有神秘的声音称之为“希望的遗产”。之后，兄妹俩无意中激活了石头。奇怪的卷须从石头中冒出来，缠绕在孩子们的手臂上，然后融合成奇怪的机械手套在他们的手臂上。更令人震惊的是，两个小型变形金刚原身体开始从水中的能量中形成。他们就是地形者。兄妹俩决定把他们带回家，重要的任务是教他们学做变形金刚。当第一批地球诞生的变形金刚机器人人族焕发

钢铁直男逍遥生在准备送女友狐美人的周年纪念日礼物时，却惨遭变小奇遇，身形竟缩小成儿童形态！为寻找解药，逍遥生与兄弟飞剑侠只能按照指引寻找放火高手，一同前往传说中的虎踞龙盘之地——魔王寨，殊不知，这一切都是红孩儿的阴谋…

《变形金刚》电影原型，游戏特辑。

经过多年的潜心研究，培顿博士（连姆·尼森 Liam Neeson 饰）终于研制出了人造皮肤，可是，这种人造皮肤有一个致命的弱点，那就是长时间的阳光照射会使它变质腐坏。一群歹徒盯上了佩顿博士的研究，为了得到这珍贵的发明，他们不惜炸毁了实验室。尽管培顿博士死里逃生，但他的全身皮肤严重毁损已成为了事实。治疗所带来的痛苦和副作用让佩顿博士的内心充满了愤怒，怀揣着复仇的信念，他逃出了医院。利用自己所发明的人造皮肤，佩顿博士有了新的面孔，与此同时，一个新的超级英雄也就此诞生。在罪犯们的眼中，培顿博士是令人闻风丧胆的凶

军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。此时主人公萨姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。