邻埠高级长官荣先生刚结束了对香港的访问即将离开，然而在机场，突然出现杀手行刺荣先生。荣先生身中三枪生命垂危，张志诚警司将逃跑时坠楼的女杀手逮捕。随后此案被交给总督察姚天明负责，坠楼的女杀手北条真理短暂失忆，不能提供任何线索，而姚天明的家人却被一队由“奥多桑”带到香港的国际恐怖分子劫持，因担心儿子安危，姚天明只得暗中服从恐怖分子，假意将北条真理杀死，而实际却带走了北条，希望从她处得到恐怖分子的真实身份并解救自己的儿子。警方对姚天明的“背叛”反应迅速，张警司通缉姚和北条二人。原来北条从小被奥多桑拐走收养，并培

真理之箱已经透露是当年Alteran人研制的一个洗脑装置，它引起了在道德和哲学上的极大争议，赞成使用的一派Alteran人后来成为Ori，反对的一派离开家乡星系并最后到了银河系，就是古人。在这部电影里，主角们必须使用它来消灭Ori，但这个决定是艰难的，因为一旦使用，在本质上就与Ori毫无区别。

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败

"住在九州的少女园田真理梦想成为一名美发师，她是一名孤儿，小时候被大企业智脑公司的社长收养。有一天，她突然收到了养父寄给她的特殊变身工具“555设备”，为了弄清楚是怎么一回事，她准备前往东京寻找她的养父。在路途中，她遇到了一个没有梦想、四处旅行的青年——乾巧，他们因为拿错包而起了纠纷。随后，一个不明怪物“俄尔以诺”袭击了他们，情急之下真理想利用555腰带变身，但设备却一直提示出错。在千钧一发之际，真理将腰带套到了乾巧的身上，没想到乾巧竟然成功变身成了假面骑士555，并打败了俄尔以诺。此后

高中生无免偶然获得了一副戴上后无论做什么都会被人绝对认同的面具，然而即便如此他也没能鼓起勇气向暗恋的女生告白。直到发生那个将他的生活完全颠覆的事件……