故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。

　　心理学家诺曼突然被海军征召，派往大西洋中部，参加一个特别研究小组的工作。组里的成员包括生物学家贝思、数学家哈里和来历不明的组成巴恩斯。组成小组的目的是探究沉没在大西洋深海处的一个巨大物体，如果它是一艘外太空的飞船的话，那它在这里已经静默了三百年以上。他们驾驶装备精良的实验艇，靠近沉船进行探测，却被沉船内一不明物侵入。这个不明物体有着巨大的魔力，它能洞悉每个人的内心世界，进而控制每个人的思想和行为，让他们在与世隔绝的深海里相互猜疑、攻击，而它自己似乎正躲在一旁暗笑......