致碧蓝航线以祝福——“碧蓝航线”的少女们，击溃了自外界入侵的神秘之敌“塞壬”的强烈攻势。然而，斗争世世代代都未曾改变。就如同人类曾经夺取海洋霸权一般，由于理念上的差异“碧蓝航线”与“赤色中轴”成为对立阵营。之後，时光流逝——

某日，日本雾弥湖的上空出现了谜样的圆盘，一度造成全世界的混乱与恐慌。但飞碟却只是停留在空中，并没有进一步的行动。随着时间流逝，人们渐渐对这件事失去了兴趣......两名少女相遇之后，静止的时间再次流动，让众人有所改变的全新故事展开了。在中学生活的最后一年，她们将拥有一生无法忘怀的回忆。