​该剧讲述以宋慈为首的六位少年因机缘巧合相聚在一起，携手破获多起神秘诡谲的疑案，意外卷入南宋朝堂主战派和主和派斗争，逐渐从懵懂的少年成长为真正心怀家国大义之人的故事。

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话

南宋都城临安府内突发命案，民众纷纷传言是夜游神所为。京城临安府府尹夏侯言请宋慈前来相助。宋慈发现死者口中有迷药的气味，推断出凶手就是死者府上的厨子。当宋慈和仵作古雪乔调查厨子之时，又一起命案发生，死者是主持礼法祭祀的礼部侍郎。凶手作案的手法与第一起命案一样，并且在案发现场都有一支黑羽。通过综合两名遇害者的行踪记录，宋慈发现二人同时出现在过一个地方——玉栏仙苑。宋慈和古雪乔赶到玉栏仙苑，并找到了曾经接待两名遇害者之人——外域女子伊娜。宋慈判断夜游神一定与外域有关，而一切指向就是明日的明堂大礼。大礼之日，御史

讲述了在南宋时期，提刑官宋慈外出巡查遇险时，阴差阳错结识了南戏艺人赵知亭、王陵以及舞姬何温凝。身份不同的四人几经磨合、通力合作，通过推理问询及验尸等手段，连破四件凶案，为死者平冤，还生者公道的故事。

《大法医宋慈系列之偷梁换柱》是一部古装探案类影片，讲述宋慈运用高超的法医探案技巧，在重重困难下，寻找蛛丝马迹，用证据一步步逼近现实，侦破一桩桩看似离奇的悬案。该片体现了中国古代法医技术的先进与高超，歌颂了中华优秀历史人物，弘扬了爱国主义情怀。