本片根据中国传统民间故事《铡美案》改编。寒门学子陈世美高中状元之后，为求功名利禄抛妻弃子成为驸马。其妻秦香莲千里迢迢进京寻夫，陈世美不仅不予相认，还派人加害其母子三人，使得秦香莲含冤入狱。包拯知道真相后，为秦香莲洗脱冤屈；公主、太后屡次阻拦包拯办案，包拯不为所动，冒着得罪皇亲国戚、掉乌纱帽的危险，毅然将陈世美绳之以法，押上龙头铡。

北宋时期，包拯出任建昌县知县。将近建昌县时发生离奇的尸体失踪事件，随后更遭到“尸体”袭击，所幸被展昭所救，随后便结识一起调查此案。另一方面，白玉堂应约前往朋友鲁一刀家喝酒，却发现家中无人，只有一只断手。白玉堂为调查此案，误打误撞结实同来查案的展昭。后经三人层层分析，锁定了一片山林中的一处洞穴。展、白二人与众衙役也被引到了大山深处的一处洞穴，他们在洞中发现很多半死不活的人，展白二人遇到伏击，假装昏迷的展昭被送到一个石屋，里面正是炼药师广平。县衙内，蒙面杀手摘下面罩，如包拯所猜测一般无二，幕后黑手是鲁一刀。经

北宋与辽处于战争状态。白云镇被辽军围城三月，粮食断绝，民不聊生。此时，传闻城内有离奇命案，城外辽军爆发“血士”奇案。恰不逢时，包青天却被贬至此，奉命查案。当包青天、公孙策、展昭到案发地，却发现真相超乎他们的认知。

包拯在庐州破获“鬼新娘”一案后，和公孙策、小展昭进京赶考。途中，公孙策进科场的浮票被一对贼母女偷取，包拯等人只能一路追赶至河对岸的无极岛，在寻回浮票后入住无极客栈。自当晚起，此地开始发生连环命案，而且每次案发前，包拯都会收到一封幕后主使寄给他的匿名信，经过一番番与嫌疑人的周旋和抽丝剥茧的推理调查，包拯最终破获疑案，真相水落石出。包拯等人为帮白阮阮寻找亲生父母，前往魄灵镇，却不料在此地遭遇猫灵谜案，并意外与八贤王、庞太师相遇，包拯随即发现猫灵谜案和多年前的狸猫换太子有关，经过深入调查和探寻，包拯成功引幕后真

大宋年间，庐州神秘鬼新娘连环夺命，包大娘不慎涉案，少年时期的包拯为救母与公孙策、展昭调查案件真相，经过一番惊心动魄的较量，真相大白于天下。不到最后一刻，猜不出谁是凶手。