因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

在都市的小孩子中，有着这样一个传言：只要在深夜0点的时候与“地狱通信”取得联系，将无法发泄的怨恨写下来，地狱少女就会出现，她将为你把怨恨的人打入地狱。然而让人意想不到的是，这个传言竟然是真实的。写给地狱通信的信件都会传达给一名叫做阎魔爱的少女，当她与信件中的怨恨感情产生共鸣的时候，她就会变身成为地狱少女。但是，若要实现愿望就要与她缔结契约的事，却没有在传说中提及到。“人的诅咒会打开两个通道。一个是把对手送往地狱的，而你的灵魂在死后也会往地狱同行。即使这样也无所谓吗？”