19世纪末。在工业革命的进行中逐步扩大势力，极尽荣华的英国。但技术的进步与发展的另一面，却是自古以来根深蒂固的阶级制度导致人口不满3%的贵族支配着国家。贵族们享受着仿佛理所当然的特权，而最底层的人民连明天的生活都没有着落。人们在被与生俱来的阶级束缚之下生存着。威廉·詹姆斯·莫里亚蒂，为了打破这腐败的阶级制度，建立理想中的国度而开始行动。把夏洛克·福尔摩斯都玩弄于股掌之间的“犯罪卿”莫里亚蒂。由犯罪带来的革命，将改变世界——

呼呼博物馆地下有一扇终止于此的门，汪汪警察逮捕了想破门而入的犯人，却出现了一辆可疑的车将犯人救走。这次事件的幕后主使是邪恶的股里亚蒂教授，他的目标是秘宝「帕兹」。为了抓住不择手段的冷酷罪犯股里亚蒂，屁屁侦探与国际警察组织的奥多莉搜查官一起合作调查。屁屁侦探在接连不断的谜案中展开推理，最后，股里亚蒂教授引发了一起动摇全镇的事件。

奥地利皇储突然自杀案件，让沉寂6个月的福尔摩斯再次启动。这次，福尔摩斯有了一个强有力的对手——智力上与福尔摩斯相当的莫里亚蒂教授。为了调查清楚皇储的自杀案件，福尔摩斯与华生，在吉普赛占星师西姆的帮助下，和莫里亚蒂展开了在整个欧洲大陆上的较量，从英国到法国、德国……虽然被称为最聪明的人，但是莫里亚蒂教授仿佛能预知福尔摩斯的行踪，都能先一步福尔摩斯逃之夭夭。莫里亚蒂教授死亡名单上的人一个个被抹杀，历史可能就此被改编，面对如此强大的对手，福尔摩斯如何应对？