22世纪，机器人及人工智能技术取得颠覆式发展。由于人工智能基点提前到来，数量和智力上都以指数型增速完成自我进化的机器人，开始大肆占领国家重要枢纽机构，全面清洗人类，节节败退的人类处境岌岌可危。一小部分人类伺机而动，成为正邪泯灭，钱字当头的赏金猎人。三方势力胶着，日趋白热化，彼此的仇恨一触即发…为了拯救人类，一支人类特遣小分队，独闯停战区。他们究竟能不能在一个小时里，找到机器人设计致命弱点，拯救整个人类。

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

最后的时刻即将来临！距离弑神之箭刺穿雅典娜的心脏只剩下五个小时了。唯一能够拯救雅典娜的人，就是坐在圣殿顶端的教皇。不过，星矢和四位青铜圣斗士们要想到达教皇厅，就必须突破黄金圣斗士守护的十二宫。距离抵达教皇厅前还有五座宫殿。星矢和他的朋友们能否击败阻挡他们的强敌，到达隐藏着令人震惊的真相的教皇厅？

天机十二宫是江湖中的侠义组织，因卷入赈银案一直被刑律司追捕，阎王殿少宫主沈爻为了还父亲和十二宫清白，潜入刑律司查探真相。刚入京城，沈爻与女捕头万筠灵相遇，两人共同识破了摘星营营主百里摘星的诡计，沈爻救下被困的万筠灵。刑律司总捕玉长风赶到制服贼人，沈爻出于私心放走百里摘星，万筠灵抱怨沈爻耽误自己查案。第二天，沈爻来到刑律司为昨夜之事画押，拿着偷印的刑律司长司徐鳞栋信件来谋差事，险些被玉长风识破。当夜，沈爻和陈十六随徐鳞栋前往醉仙楼，趁酒席间，沈爻找醉仙楼老板花何惜询问赈银案情况，突然楼下传来惨叫，沈爻下楼看

鲁班门大战后，万筠灵被护送回宫，圣上传旨，严禁万筠灵出宫。万筠灵开始思考沈爻身世，料定他与十二宫有关。此时突然传来王上将要降罪沈爻的消息，万筠灵挺身保护沈爻。王上提出条件，万筠灵之前约定的三月查案之期已到，现在必须安心准备和亲，和亲对象库戎王子阿依虎上殿与众人相见。退朝之后，万筠灵和沈爻再次面对彼此，坦诚相见，万筠灵希望沈爻能够带自己走，沈爻犹豫许久，终于选择为了查案隐藏自己的感情。杜澜初利用万筠灵开始挑拨沈爻和玉长风关系，当夜几个年轻人都陷入了对感情的沉思，而此时，天空突然升腾起了大片的孔明灯，遇箭坠落

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

在遥远的神话时代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯无一不在觊觎人类赖以生存的大地。身为大地守护神的雅典娜，与他们展开连番战争。与此同时，人类中一些骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们拳可以撕裂天空，脚能够踩裂大地，这群不用武器、完全凭借赤手空拳战斗的少年被称作“雅典娜的圣斗士”。从神话时代开始，雅典娜和圣斗士们就与无数邪神展开无数次的圣战。时间到了现代，星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中不断成长起来，他们打败了阴谋篡位的教皇、意欲淹没大地的海神波塞冬，对抗企图带来永久黑暗的冥

1945年8月9日，美国向日本投下原子弹。就读医科大的青年浩二（二宫和也 饰）在毫无征兆的情况下死于非命。转眼三年过去，浩二的母亲福原伸子（吉永小百合 饰）似乎渐渐承认了儿子已不在人间的事实，她的丈夫、两个儿子皆已逝去，孤身一人在信仰的支撑下走过艰苦岁月。在某个夜晚，浩二突然在母亲身边现身。伸子喜出望外，和儿子热烈交谈。浩二不改善谈的个性，与妈妈有说有笑，当然他盘桓人间还有一个理由，那就是记挂情投意合的未婚妻佐多町子（黑木华 饰）。町子而今在某个小学担任教员，她念念不忘浩二，为此耽搁了自己的婚事。　　死去

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

由于所在的东大研究室因故关闭，头脑灵光的研究员田茂青志（二宫和也饰）回到当初念书的升学名校小田原城德高中，受聘成为一名老师。当年田茂曾是校棒球部的队员，与棒球名门堂东学院的明星谷内田健太郎（市川海老藏饰）有过刻骨铭心的较量。而今棒球部今非昔比，只有六名球员根本无法参加正式比赛。在棒球经理樽见柚子（有村架纯饰）等人的劝说下，田茂勉为其难与棒球再续前缘，担任棒球部的教练。凭借一股“就算徒劳也要取胜”的念头，田茂找来赤岩（福士苍汰饰）等人。虽然水平有很大的差距，但他相信这支队伍即使弱小也能战胜强者……