特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死

传说火星上居住着一种类似地球上老鼠一样，但体型与人相当的生物们在火星上和平居住、繁衍生息，过着无忧无虑的生活。 突然有一天，遥远另一个星系的普鲁塔星人耗尽了们自己能源之后，侵略火星、掠夺火星上的资源，用飞船运回普鲁塔星。火星鼠们奋起抵抗，但他们力量无法阻挡普鲁塔星人攻势。三个勇猛战士斯罗特、莫多和维尼被普鲁塔星人抓走。