呱唧因为寻宝来到象龟岛，却遇到⼤海啸！为解救岛上的动物们，小纵队再次集结，启动限时营救任务！但海啸的脚步逐渐逼近，新的危机又悄然降临，重重危险下，小纵队们能否成功完成任务，解救被困的动物们？

作恶多端的大鲨鱼Troy（多纳尔·罗格 配音）又回来了！这次他扬言要趁涨潮之日横扫整个珊瑚礁！曾经靠着自身力量而打败大鲨鱼的小鱼Pi（德雷克·贝尔 配音），这次将再次肩负起拯救大家的使命。但问题是，这次Troy不再是单人匹马，他身边多了几个跟随的爪牙，而且他本身也变得更加强大。于是在老海龟的建议下，Pi决定把身边几个愿意跟随的好友训练成跟自己一样能运用海洋力量的战斗好手。但是操之过急的强化训练并没有取得理想的效果，反而让大家深感疲惫和无力……

小海绵在海底世界的生活

在澳洲大堡礁温暖的海水里，小丑鱼玛林和儿子尼莫生活在安逸而隐蔽的海底，一天，一直向往到海洋中冒险的尼莫，游出了他们所居住的珊瑚礁。却被渔夫捞走并卖到了悉尼当了人类的玩物。 为了救回心爱的孩子，本来胆小怕事的玛林决心跟上澳洲洋流，踏上寻找自己儿子的漫漫征程。一路上玛林遇到了很多形形色色的朋友，也遭遇了各式各样的危机。最终救回了自己的儿子。