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正篇讲述关系很亲密的5个人组成的小组织“Little Busters”的成员——少年直枝理树和领袖人物枣恭介为了享受最后的高中生活而组建了一支棒球队“Little Busters”，然后棒球队的成员们遇到了各种各样的烦恼的故事，本作作为特典动画剧情分别由佳奈多、佐佐美、沙耶这三名女性角色，主要会围绕她们各自的故事展开。

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

这是个因「反重力鞋」的问世，人人都能轻而易举地翱翔天空的世界。转校至久奈浜学院的仓科明日香，与新的同学鸢泽美咲、日向晶也相遇，得知了穿着「反重力鞋」竞技的比赛项目「Flying Circus」（简称FC）。迷上这项运动的明日香决意加入久奈浜学院的「FC部」，与其他伙伴一起挥洒青春的汗水。她们互帮互助，共同成长，向强力的对手发起挑战。目标——夏季大赛！