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游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往卫星区，阻止暗印人的计划。

从环游并行世界的旅行中回到点心店“五彩缤纷”的介人们。但是，在那里，新的柏饼瓦尔多和成为“柏饼王”的佐克斯，支配着世界！？为了拯救又变成柏饼中毒的世界，新的战斗开始了！另一方面，在咚兄弟的世界里，太郎离开后的一年里，陪伴的5人一边度过充实的私人生活，一边继续与桃谷次郎为队长战斗。在这种情况下，记忆恢复了的太郎去了咖啡店。太郎去拜访了成员们，同时也得知了成员们都想要退出咚兄弟的决心。大家各自决定走自己的道路之后，再次出现的机界鬼袭击了太郎！两个世界爆发的事件以超越次元的“缘分”结合起来的时候，两大超级战队的

剧中捷德奥特曼将会与赛罗奥特曼，欧布奥特曼和伽古拉斯·伽古拉等同伴一起对战毁灭全宇宙的最邪恶兵器——巨大人工头脑吉尔巴里斯以及它的加拉德隆军团。