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故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

盾之勇者·岩谷尚文准备着与即将复活的四灵“凤凰”战斗，为了让互相反目的四圣勇者团结起来，他与其他三名勇者对峙，最终四人达成和解。然而，拉芙塔莉雅却遭到九天楼派来的刺客袭击，理由是误认为她有继承王位之意。尚文为了与九天楼谈判，来到了唯一存在前往九天楼的渡轮的亚人之国·席德威鲁特，并受到了信仰盾之勇者的亚人们的热烈欢迎。但席德威鲁特并非上下一心，也有人并不欢迎尚文一行。九天楼的政局也同样存在危机，拉芙塔莉雅被视为了革命的旗帜。在混乱至极的局势之中，尚文能否成为指引同伴的光芒……