故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美

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灵雾岛是一座远离大陆只供私人度假的小岛，传言岛上留存着巨额的宝藏。岛上没有网络没有手机信号没有电视，每周一班的摆渡船是小岛与大陆间唯一的交通工具，岛上唯一的建筑灵雾山庄里只剩下岛主的仆人们看守着。这一次，就在十个人登岛后的第二天夜里，命案就发生了，登岛的十人还剩下九个，之后，岛上人员却接连死亡，大家都人心惶惶。离奇的是，命案发生时岛上的其余人都聚集在客厅里。难道一切都因为传说中的宝藏？宝藏的传闻是真的吗？凶手会在这几个人当中吗？

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名门私立学校斯特拉女子学院高中部的新生雾岛莲都，因为期待着贵族大小姐式的高中生活，所以决定加入美术部，在她刚踏入美术部教室的时候，便被前辈们告知其实她们不是美术部的成员，而是利用生存游戏的装备去维护学院治安的团体，这就是C3部。