小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

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九重天坍塌，九通猿猴借众神补天不在其位之际，命妖界找寻三大神器。万妖窟公主玉冰心夜袭周元城，威逼不周山山神周玉关交出三大神器之一的撑天柱，周玉关前往踏梅弱水囚牢求请五百年前被关押在此的神猴相助，不料神猴早已厌世。周玉关救下被典狱司暗下杀手的神猴，自己魂飞魄散。周玉关的牺牲令神猴动容，决定闯出弱水前去救百姓。地藏菩萨出手助他，并派遣谛听跟随在其左右监督神猴。二人赶至周元城，击败玉冰心救下了百姓。

落魄潦倒的革命者鲍勃（莱昂纳多·迪卡普里奥 饰）终日生活在草木皆兵的偏执状态，他与世隔绝，只和坚韧自立的女儿薇拉（蔡斯·英菲尼迪 饰）相依为命。然而，当鲍勃的宿敌（西恩·潘 饰）在16年后再度现身，女儿也突然失踪，这位曾经的激进分子仓促踏上了寻女之路，父女二人不得不直面他过往行为种下的恶果……