正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？

位于东京都葛饰区的一座公寓内，一具高度腐烂的尸体被人发现。经警方初步查明，死者是来自滋贺县的押谷道子，她的死亡实属他杀。警视厅搜查一课刑警松宫调查发现，押谷此次上都是为了拜访并观看学生时代的好友浅居博美的舞台剧的。虽然浅居有充分的不在场证明，不过她和加贺恭一郎的合影依然引起松宫的注意。与此同时，在道子遇害公寓的附近，一具焚烧后的尸体被人发现。现场的一件遗物令加贺激动万分，因为这与他多年未曾谋面的母亲有着千丝万缕的关系。两起案件，以及失踪的人，将浅居和加贺再度连接在一起……

位于东京都葛饰区的一座公寓内，一具高度腐烂的尸体被人发现。经警方初步查明，死者是来自滋贺县的押谷道子，她的死亡实属他杀。警视厅搜查一课刑警松宫调查发现，押谷此次上都是为了拜访并观看学生时代的好友浅居博美的舞台剧的。虽然浅居有充分的不在场证明，不过她和加贺恭一郎的合影依然引起松宫的注意。与此同时，在道子遇害公寓的附近，一具焚烧后的尸体被人发现。现场的一件遗物令加贺激动万分，因为这与他多年未曾谋面的母亲有着千丝万缕的关系。两起案件，以及失踪的人，将浅居和加贺再度连接在一起……

东京都内发生了三起杀人事件。警方从所有案发现场都遗留有的无法解释的数列推断出这是一系列带有预告信息的连环杀人案，并就此展开了侦查。警视厅搜查一课的精英刑警新田浩介（木村拓哉 饰）破译出该数字预示着下一次作案的场所，他由此推测东京柯尔特西亚酒店将会成为第4起命案现场。然而凶手是谁却毫无线索。警方因此决定潜入东京柯尔特西亚进行调查，新田则要扮作前台人员追查凶手。受命指导他的是东京柯尔特西亚的优秀前台员工山岸尚美（长泽雅美 饰）。

某日，已是一名股票交易员的榊信一与青梅竹马的前女友山口澄乃和学生时代一起做志愿者活动的旧友们再次相遇。如今过着奢华生活的榊羡煞旁人，但不为人所知的是，此时的他正处在极为艰难的人生交叉路口。实际上，榊已身患重病且时日无多，因此他暗自下定决心要释放出内心的“杀人冲动”。次日，一位名叫冈本真纪的年轻女子的尸体被人发现。警视厅搜查一课刑警苍井凌和片区刑警矢部知树共同展开了搜查。苍井3年前旧病复发却一直没有对外公开，忍受着病痛的他仍旧坚持查案。然而，苍井的病情很快就发生了恶化，到了危及生命的地步。面临死神威胁的苍井

某日，已是一名股票交易员的榊信一与青梅竹马的前女友山口澄乃和学生时代一起做志愿者活动的旧友们再次相遇。如今过着奢华生活的榊羡煞旁人，但不为人所知的是，此时的他正处在极为艰难的人生交叉路口。实际上，榊已身患重病且时日无多，因此他暗自下定决心要释放出内心的“杀人冲动”。次日，一位名叫冈本真纪的年轻女子的尸体被人发现。警视厅搜查一课刑警苍井凌和片区刑警矢部知树共同展开了搜查。苍井3年前旧病复发却一直没有对外公开，忍受着病痛的他仍旧坚持查案。然而，苍井的病情很快就发生了恶化，到了危及生命的地步。面临死神威胁的苍井

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视

本作是柯南第25部剧场版《名侦探柯南 万圣夜的新娘》的外传性质作品，回顾了高木涉和佐藤美和子之间的恋爱故事。最后附录的原创内容与《万圣夜的新娘》剧情相关，描绘了高木刑警和佐藤刑警婚礼前的样子。

盖南共和国的下届总统候选人占士·麦佳亚前往日本访问。警视厅派遣探员出任保镖贴身保护他，可是奇怪的是还要同时保护占士的女保镖新条安奈，这里面另有什么原因？！~麦佳到达日本后，他接到一个神秘人物的恐吓电话，于是他派性感女秘书萝莎通过中介委托……

某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介，盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。危机时刻，玲子成为左右事件成败的关键……