主要讲述了博士和克拉拉陷入了被异形攻击的事。

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！从最初，博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士，克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终，博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了这些船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士的善良使他用永生的力量救了阿希尔达，但阿希尔达对博士却也有最初的崇敬，到憎恨，再到反对。之后博士和克莱拉经历了赛冈星人入侵以及最终的

宇宙中最邪恶的物种都被一条神秘的消息吸引来到一座宁静的星球小镇：圣诞。博士和他的朋友们必须要破解出这条信息，因为博士的命运与整个宇宙的命运都握在其中。

随着彼得·卡帕尔蒂成为掌管蓝色盒子的第十二任博士，全新的神秘博士重生了，他开始控制时间机器。博士也必须适应他重生后的新特征和新性格，博士的朋友们也需要时间来适应这位新博士与众不同的风格。神秘的杀手开始在这座都市中秘密行动，一家屠宰场餐馆和一艘被掩埋的宇宙飞船将博士引向一个久违的敌人。在这一季中，博士和他的朋友克莱拉进行了很多奇幻的旅程，他们在试图拯救一艘载着人类幸存者的搁浅飞船时见到了一支戴立克舰队；他们还需要应对在地球上秘密行动的赛博人；他们在和杀手机器人打斗时回到了罗宾汉时代……博士和他的朋友们在时间

这将是David Tennant在《神秘博士》的谢幕演出，他所扮演的第十任博士将在本集电影中再次重生，由Matt Smith接替他扮演的第12任博士。 2009年圣诞夜，博士再次得到Ood一族的警示，回到了地球。在这里死于已久的法师在信徒的帮助下再次重生……

这将是David Tennant在《神秘博士》的谢幕演出，他所扮演的第十任博士将在本集电影中再次重生，由Matt Smith接替他扮演的第11任博士。 2009年圣诞夜，博士再次得到Ood一族的警示，回到了地球。在这里死于已久的法师在信徒的帮助下再次重生……

圣诞 5343 年，一艘坠毁的飞船发来了一封紧急求救的信息。博士赶到后，发现求救信息来自宋江，她要 Doctor 拯救她的丈夫 —— King Hydroflax 。被卷入这场宇宙阴谋的博士发现宋江竟然不认识他，而他极力避免的那一天终于不可挽回地到来了，宋江与博士会有一个 Happy Ending 吗？

地球上，一辆火车突然遭到外星生物入侵，整个列车都陷入瘫痪。关键时刻，一位神秘女子从天而降，及时阻止了正在跟踪人类猎物的外星猎人！而这位神秘的女人其实就是经过重生忘记了身份的第十三任神秘博士，也是《神秘博士》有史以来第一位女博士！随着英国谢菲尔德的人类受到威胁，博士招募了三个新朋友——性格温和的瑞安、做事一丝不苟的小雅以及瑞安的继祖父格雷厄姆。他们一起对抗邪恶的外星人、把被卷入太空的人类平安带回地球、阻止时空秩序被扰乱和破坏、在树林中追赶狡猾的邪恶生物……在共同经历了这一段充满活力、激情和刺激的冒险旅程后，

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士、克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他。之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士内心深处的善良的本性促使他使用永生的力量救活了阿希尔达，但阿希尔达对博士的感情却从最初的崇敬，逐渐变成了憎恨。之后博士和克莱拉一起经历了赛冈星人

该剧中的博士由13位演员扮演，从一位到另一位演员的改变被写成重生，博士的身体会改变，性格也会改变，每个的描写方式都不同，有时不同的化身会相遇，但他（她）们都扮演同一个角色。