《精灵宝可梦XY&Z》讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

2016年，日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次被确认以来已经过数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的事实是，被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实[1]特殊战略队群特别攻击队——又名，扩张少女系Trinary。