十九世纪末正是巴黎的“美好年代”，新艺术百花齐放，新技术层出不穷，但在这黄金盛世的背后却传出一连串女童被拐骗的声音，于是见义勇为的混血小公主迪丽丽和好友快递员踏上幻险旅程，穿梭于巴黎的各处名筑和大街小巷，拯救被困女童。这途中，他们还邂逅了居里夫人、毕加索等众多时代天才名人，得到慷慨相助。

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？

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在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染之后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及功能，有专属交通的都市也有专属教育类的学院都市。赌上各自的存亡，都市与都市之间被操控着进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。少年少女们为了保护自己的都市，使用超能力“刭”不断进行战斗。故事就发生于无数都市中的其中一个学院都市洁尔尼，在新生入学仪式上，由两个敌对都市的学生引发的骚乱险些造成踩踏事故；在混乱之中，来自

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