《神探狄仁杰》由《使团惊魂》、《蓝衫记》和《滴血雄鹰》三个各自独立又息息相关的故事组成。《使团惊魂》讲述武周年间，突厥战争结束，举国上下迎接突厥议和使团的到来。然而就在使团逗留期间，京城接连突发了几件举国震惊的大案。严峻的内忧外患令武则天忧思如焚，急调狄仁杰进京火速破案。《蓝衫记》中狄仁杰与护卫李元芳正在乡间暗查民情，然而一起一天内连发两起命案的案件引起了他们的注意。《滴血雄鹰》则由一幅用鲜血图画的滴血雄鹰引出。

民国期间，古蜀国藏宝图流落于蓉城洗面桥监狱的传闻甚嚣尘上，引来各方势力觊觎。尤其是洋人们，更是直接向蓉城总督吴将军施压，谋夺藏宝图。为防宝藏落入洋人手中，蓉城学堂的学生们制定了夺宝计划。学生许家兴伪造罪名，试图混入监狱，暗查藏宝图的下落。不料，却被护弟心切的哥哥许家和顶替入狱。许家和本有能力越狱逃生，然而得知弟弟的真实目的后，不得已卷入对“藏宝图”的争夺。然而，死囚们的身份各自成谜，狱内外的局势也变幻莫测，兄弟二人几经生死，险象环生。最终，许家兴与许家和里应外合，在其他爱国人士的帮助下，终于成功找到

天授元年，民间精怪作乱、怪事频发。狄仁杰奉命暗查奇案，近日听闻降魔邪咒召唤亡灵重回人间，为祸一方，便火速展开调查。当波谲云诡的案情逐渐显露端倪，却将狄仁杰引向了一个更加恐惧的真相，原来世间真有“亡灵”存在……