2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

在新科技发展的近未来，社交网络上流传着众多被称为“全息幽灵”的真假不明的灵异现象传闻。初一学生天之河宙，因为启动了父亲留下的名为“数码器”的神秘设备，开始能看到普通人看不到的未知生物——“数码宝贝”。自从与父亲托付的顽皮数码宝贝“伽马兽”相遇的那天开始。宙就被卷入了各种各样的灵异现象中。盗取人类时间的“缝口男”、在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵就在我们身边伺机而动。即将开始的是，无人知晓的世界背后的故事。宙与伽马兽和其他同伴一起，踏入了数码宝贝生息的奇妙世界。

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路，而就在此时，数码宝贝的研究者却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。