明朝左丞相胡惟庸意图叛国，为阻止胡奸计，烈士们率领六十名少林弟子以死开路，意图突破锦衣卫重围，接近銮驾。洪武十三年，胡惟庸终以叛国罪，碎磔于市。一百七十九位忠义烈士蒙圣恩，御赐「一代忠良」金匾，以奖忠荐。

少林小子释小鱼作为少林交换生来到了城市中小兰的家里，和小兰小北开启新生活，并被校园中的跆拳道高手林秋楠吸引，想要用少林功夫与他一决高下。与此同时小兰的父亲张翔教授被匪徒控制，要求其交出科研成果“图灵九号”，殊不知“图灵九号”已被教授寄给小兰，气急败坏的劫匪开始对教授动手，并派人去盗取“图灵九号”。小兰生日当晚被劫匪绑架，教授被逼交出数据。危急时刻，小鱼与林秋楠联手，用真功夫营救出了教授与小兰。

小方世玉为首的一群孩子在少林武院学习、成长；莫大将军为首的官府势力在崇阳镇屯兵敛财，拉拢江湖的邪僧欲潜入少林寺获取达摩碑而称霸武林。当江湖武林、现实社会的各方面势力爆发激烈冲突，无法回避地撞击到孩子们身上时，他们从懵懂无知，被动躲避，到看清真相，勇敢担当。经过磨难和努力，他们修得了功夫，历练了心智，获得了友谊，也承担了责任；在少林方丈的指引下，小伙伴们发现潜伏在少林寺的邪僧与朝廷将军勾结的证据，最后，他们齐心协力完成了一个难以完成的使命——保护了达摩碑，从而实现个人成长上的终极跨越。