U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕

在西历2307年，虽然化石燃料枯竭了，但是人类得到了截然不同的新型能源。三台巨大的轨道升降机以及伴随它们的大规模的太阳光发电系统。但是能得到这个系统恩惠的，只有一部分大国和其同盟国而已。拥有三台轨道升降机的三个超大国群分别是，以美利坚合众国为中心的「Union」；以中国、俄罗斯、印度为中心的「人类革新联盟」；以欧洲为中心的「AEU」。各超大国家群为了自己的威信和繁荣，持续着逐渐扩大的zero-sum game。没错，即使到了24世纪，人类还未能做到同心同德……在这无法结束战斗的世界，出现了以「使用武力根绝

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介

激战之后，静止卫星射出的一道光芒提示着一种可能。悠人一行人一直在战斗的「艾多拉行星」或许并不是GBN的世界，而存在于现实之中。这个一度令创形者队止步不前。然而，共同对抗独眼族的佛莱迪一行人与艾多拉子民之间的羁绊，让他们再次集结在一起。没错，艾多拉中还有他们必须完成的"任务"。带着新创建的高达模型，创形者队另一场真正的战争，才正要展开。

天人与联合国军的最终决战后过了四年。建立地球联邦政府的人类，为了追求更进一步的国家间之统合，以及人类意识的统一，在联合正规军之外，设立了独立治安维持部队“A-Laws”，目的为对所有危害联合的势力与主义、思想等进行非人道的压迫，例如反联合的国家、Katharon以及再次出现的天人。为了遵守与路易丝·哈勒维的约定，朝着成为宇宙技术员之路前进的沙慈·克罗斯洛德，也身不由己的被联合政府的变革所卷入。另一方面，在4年前的最终决战中存活下来的刹那·F·清英，默默注视著因为受天人影响而变革的世界所产生的变化。打倒监视

第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者

「高达模型联网对战（ＧＢＮ）」是能在计算机虚拟空间（次元世界）内，使用高达模型享受执行各种任务乐趣的最新在线游戏。中学生三上陆与挚友日高勇夫，拉着同班同学矢代桃华，一起进入那片广大的世界。他们成为ＧＢＮ的居民「潜行者」后，认识了对高达模型有着奇妙感受力的神秘少女莎拉，并开始与她一起行动…次元世界里有小陆的偶像，冠军「九条响也」等知名潜行者，有团队系统让多名潜行者组成「战队」，也有使用非法工具-外挂贴纸的一群「大潜行者」阻碍他们。小陆等人经过了各种相遇与经历，除了创造高达模型以外，也开始一点一滴地创造自己的

作品的故事舞台为近未来，动画作品《机动战士高达》的塑料模型，通称“钢普拉（高达模型）”在1980年代引起热潮后数十年的世界。在该时卷起了一股“第二次高达模型热潮”的新浪潮。而带动这个热潮的便是名为“高达模型对战”的娱乐。因为发现了新元素帕拉夫斯基粒子进而开发的技术让“高达模型对战”的出现，每年也都会举办高达模型对战的世界大赛。主角伊织诚是个喜爱高达模型，并梦想着有一天能参加弹模型对战世界大赛的高达模型玩家。身为模型店的独生子，拥有制作高达模型的高超技巧，然而却不擅长对战的操作，总是在高达模型对战中的第一场

【本片为时长26分钟的完全版】在宇宙世纪0096的后半，地球联邦政府感觉「精神感应骨架」的存在会成为威胁，所以命令隶属于直辖情报部的梅米特·梅鲁加中尉组织特殊部队「莫斯提马」，执行潜入地球圈漂流的小行星「阿克西斯」所分裂出来的其中一边，并进行调查。与梅米特同行的调查队队员中，有曾经在吉翁公国和新吉翁担任技师和测试驾驶员的艾鲁丽特·马里亚热和丹顿·哈力古这两位平民。潜入了阿克西斯的调查队在应该不会有人的基地内受到私人军队「巴纳姆」的新型「高达」的袭击。在这期间，艾鲁丽特将某个「思念」藏于心里，走向遗留在阿克

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪（UC）终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century（RC），并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地、连接地球和宇宙的轨道天梯“首都塔”，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的光子电池（Photon Battery），故被视为圣地。其守护组织“首都卫队”候补生贝尔利・杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明的MS“G-Self”攻击。贝尔利使用作业用MS“雷克汀”与其交战并成功捕获。然而“G-Self”的驾驶者，名为艾妲·雷哈顿的宇宙海贼少女却对贝尔