猪猪星和武林星即将碰撞，强大的引力导致秘境生物冲出，给居民带来灾难。超星五灵侠必须要打败独孤博士的无敌军团，启动九个世界引擎，才能恢复安宁。无敌军团因为独孤博士的魔方芯片变得异常强大，但是猪猪们毫不畏惧，即使面临未知风险也要升级真气。在战斗中，猪猪们互相保护、配合默契，最终凭借坚韧的武道精神和精进的功夫，战胜无敌军团与独孤博士，化解了两颗星球的危机。

猪猪侠和伙伴们每个人都有不同的职业，外星人潜伏在人们身边的各个角落，会以各种匪夷所思的方式出现。而这一切，究竟是怎样发生的呢？猪猪侠必须带领伙伴们一一去揭秘......

人参果阿茂和蔬菜王国的科学研究院成员在深山里发现了一枚水晶，他带着水晶路过蔬菜园，引发了一系列的故事。

故事承接上一季，未来世界的大坏蛋柠檬博士颠覆时空，破坏各种影响世界历史的关键时刻。为了守护历史保卫来之不易的现代世界。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主组化身超时空奇兵。为了阻止柠檬博士，特工们齐心协力，凭借勇敢与智慧，开始了一场比以往更艰巨，规模也更大的时空守护战。

奇趣特工队一如既往保护着小镇和平，然而来自未来的少女青青向特工们传达了一件紧急状况。一名未来世界的坏蛋柠檬博士，企图穿越时空捣乱破坏所有关键时刻。为了保护世界，奇趣特工队化身超时空奇兵，回到不同地域不同时代的过去，并和各个时代的伟人名人并肩合作，展开了一场了解过去，守护过去，拯救过去的时空大作战。

凯奇是一个充满好奇心和正义感的男孩，他还有一个神秘的身份：奇趣特工队队长。他和他的伙伴们，调皮骄傲又听得懂外星语的宠物“闪电猫”、彬彬有礼、温和待人的管家“艾尔”、以及意外流落地球的外星访客“嘟嘟公主”，组成了守护小镇的奇趣特工队。在守卫小镇的过程中，奇趣特工队不仅要帮助总是“好心办坏事”的乌龙发明家青椒博士，解决暴走的发明品所带来的麻烦，还要和马戏团长“班主先生”、外星人“皮录”和“小矮妖”斗智斗勇。所幸，凯奇和伙伴们拥有的神奇徽章，能让大家变身成为奇趣特工，充分发挥各自的特长和技能，齐心协力，化解每一

头领战士分别加入两派，形成新的对抗，擎天柱牺牲。巨无霸战舰出现，汽车人取得战略优势。撒克巨人开始露面，阴谋争夺权力。惊破天在地球北极战斗中被深埋在冰川下。撒克巨人掌权，秘密制造巨型变形金刚。撒克巨人躯体完成，巨无霸伏特使出了玛斯塔剑击败撒克巨人。火星被霸天虎炸毁。补天士传位于巨无霸福特，流浪宇宙。撒克巨人秘密制造对抗玛斯塔剑的撒克盾，成功抵挡巨无霸。霸天虎暗中抵达地球，策划终极的爆炸地球计划，汽车人奋勇保护，最后在南极决斗中，以团结的力量摧毁撒克巨人

猪猪们从武林星回到猪猪星，发现猪猪星环境变得更加恶劣。这一切都是因为独孤博士，他利用世界引擎让世界块块与猪猪星强行融合。不仅如此，他还将猪猪们的朋友改造成变异战士，制造各种绝境。超星五灵侠为了拯救朋友与家园，凭借善良、勇敢和机智，以及他们引以为傲的功夫，化解各种危机，并唤醒变异朋友，成功关闭世界引擎。最后，超星五灵侠彻底打败了独孤，送回所有世界块块，猪猪星也恢复如初。

基于《超变武兽》动画片的主题剪辑，挖掘动画片角色的个性特色。另外还有“猜猜猜”形式的超变互动问答，剧情反转有趣。