四位侦探通过对神秘电话的追踪和调查，成功解救了小亨，但钻石却落入黑衣人之手。他们跟着黑衣人来到柢酷星球，却发现柢酷星球此刻正在遭受一群怪鸟的侵袭。侦探们调查后发现这些鸟类来自蓝塔星球，木木豆四人又来到蓝塔星球，发现这里的居民正在遭受怪水的困扰。四人经过几番勘察，终于发现了白色怪花——曼陀罗的秘密。四人根据白色曼陀罗的线索，一路追踪来到塔拉海。经过几番周折，终于剿灭了黑暗组织在海底的秘密基地。

美丽而又耀眼的——美少年侦探团，开幕！

方块头侦探，智商在线！灯泡助手，亮点多多！二人携手破案如敲鸡蛋壳，案件分析秒变高光showtime！ n悬案？谜题？恐怖故事？通通不在话下，让你看到脑洞大开的新高度！

在一个虚拟的“星座学院”里发生的一系列有趣的探案故事，十二星座挺身而出，化身十二星探，在这个过程中，它们彼此加深了解，团结一心，用各自的勇气与智慧互相帮助。

本作是柯南第25部剧场版《名侦探柯南 万圣夜的新娘》的外传性质作品，回顾了高木涉和佐藤美和子之间的恋爱故事。最后附录的原创内容与《万圣夜的新娘》剧情相关，描绘了高木刑警和佐藤刑警婚礼前的样子。

故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。

“你来做我的助手吧。”有着被卷入事件体质的少年・君冢君彦，在高空一万米的飞机中成为了自称是侦探的天使般的美丽少女・希耶丝塔的助手。两个人为了同世界各地的敌人战斗，三年来在世界各地飞来飞去，展开了令人目眩的冒险旅程。——不久之后，侦探就去世了。动荡的日子已经过去了一年。已成为高中三年级学生的君冢也沉溺在了名为日常的温水中，过着极其普通的学生生活。在这样的君冢身边出现了一个委托人。“你是名侦探？”以和同年级的少女夏凪渚相遇为契机，连接过去和现在的壮大故事再次开始了。

名侦探俱乐部的侦探们，历经9年9季扑朔迷离的探案工作，即将开启首次欢乐团建，踏上“侦心十意”的充电之旅，回顾过往的推理名场面与搞笑瞬间，展现侦探间默契相处的喜悦与温暖。

一位神秘的美丽女子——时芽，出现在了风之城市”风都”。与她同时出现的，是另一个没有风流动的未知“风都”。面对接连发生的案件，左翔太郎与菲利普，两人一体的侦探，联手作战，变身为假面骑士双骑，对抗邪恶，侦破谜团！

CLAMP学园是由妹之山财团所投资设立如城市般的学园。妹之山财团理事长最年幼的儿子妹之山残为小学部学生会会长，他为了守护全世界的女性以及帮助同学解决他们的烦恼，而带领着小学部学生会内优秀的少年干部：鹰川苏芳和伊集院，成立了“CLAMP学园侦探团”