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十年前，麦克和他的搭档黑猩猩明奇侦探界的明星搭档，他们屡破奇案。但一次任务的失利却使得麦克心灰意冷，于是他退出了侦探界，专心照顾他的女儿阿梅利亚；而明奇也加入了马戏团开始了它的新生活。转眼间，阿梅利亚12岁了，凭借聪明的头脑她改进的钻孔机获得了国家科学奖，更获得了法尔里博士邀请前往日本参加研讨会。然而法尔里博士其实另有阴谋，麦克和明奇这对老搭档必须再战江湖，救出身陷囫囵的阿梅利亚！

正当几个平凡的少年无意发现了一处古怪的外星武器基地时，外星人突然出现抢回了武器，并声称要毁灭地球。眼下，获得改变时空能力的少年们，是地球上唯一能对抗百万外星人入侵的防卫力量。

一个神秘的军事组织，通过改变基因将普通人改造为体能、反应和速度都远远高于常人的生物武器，并将它们贩卖给黑帮组织。强风就是其中的一员，可是，善良的他并不愿意助纣为虐，而是选择逃离了组织的控制，化身为惩恶扬善的“黑侠”，在世界各地弘扬正义。军事组织的首领宙斯得知了强风逃跑的消息，派出了冷血残酷的杀手梁，想要将强风捉拿归案。与此同时，一位疯狂的科学家企图将人类和动物的基因结合在一起创造出新的物种，结果可想而知，他得到的是一群半人半兽的怪物。科学家得知强风的血液能够帮助他走出研究的困境，于是亦对强风展开了追捕。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

卫斯理是联合国外星生物分析局的特别成员，负责处理地球上一切和外星生物有关的事件。某次在古董店参观一块奇异的蓝色“人骨”时，韦斯利遇到少时曾有过一面之缘的、外表看来和一般美女无异的、血液是蓝色的外星人方天涯当他想将其留住时，方天涯消失了。古董店附近发生了一宗外星生物突袭事件，美国隶属FBI的外星生物调查机构接到上级命令，派出队中精英白素和白奇伟兄妹领队到现场调查，众人与具有A级战斗...

2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器……此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生……错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。阿风和Dark企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎和铁男等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

杀手基比发现他只要穿越平行宇宙，杀掉另一个时空的自己，他的能量就可变得越来越大，他最后到达了我们现在所处的宇宙，希望可以在超时空特警的追捕前，再一次地消灭另一个时空的自己。

20年前罗拉的父亲挖掘古墓得到的一个箱子里收藏了一个神秘的钟。罗拉从父亲那里知道，这个钟与一个神秘组织有关。这个叫光明会的组织相信当他们找到这个古钟后，便有了把时间与空间打开的钥匙，一把三角形的金属钥匙。多年来该组织一直在苦苦寻觅。 光明会希望通过这把钥匙让他们的组织始祖复活。但首先要找到钥匙。而且时间紧迫，两天后将出现日全蚀。这个时候三角钥匙内在的力量便会达到最大。光明会不想错过这个大好机会。罗拉扛上了这个艰巨的任务，在重重困难中寻找拯救宇宙的三角钥匙。

　　巴罗尼斯夫人出落得亭亭玉立的女儿麦瑞闯进鲁道夫王子的生活。在与麦瑞私奔的落脚行宫梅耶林，鲁道夫和麦瑞殉情自杀。鲁道夫王子所预言并一直设法避免的大战在1914年爆发。到1918年战争结束时，奥匈帝国的地图从此消失。