该剧讲述的是抗日战争时期，中、美、日三国间谍为了一份秘密档案相互斗智斗勇的故事。

警队的绝密档案，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系。

20世纪50年代末60年代初的香港，警匪勾结，乌烟瘴气。其中，九龙城寨更是一个龙蛇盘踞，令人闻风丧胆的混乱所在。无所事事的小青年阿豪和阿乐偶然混迹于此，为这里的乱世气氛所感染，乐不思蜀。他们合伙赌马诈钱，惹来庄家追杀，幸得当时城寨大哥肥宝出手方保住性命，二人的命运也自此发生转变。阿豪拜入肥宝门下，后与肥宝的小姨子大胆英相恋，他果敢勇猛，风头无两；阿乐当上警察，与曾和阿豪有染的女孩菲菲结婚。为了让虚荣的妻子过上幸福生活，他不惜选择贪污堕落。两个分处黑白道的好兄弟，携手打拼出一个属于他们自己的天下……

一天一个黑衣人拿了张CD到郭文生的碟店内出租，第二天那张CD就被巫师给租出去了，巫师听完这盘CD后身体不受自己控制，用头往墙上撞。他把CD带到HARRY家，和他说了经过，HARRY发现这张CD是几千年古埃及一位法力高强的咒师所作，原来，那位咒师当时深受法老王的宠爱，后被法老王杀死，在死之前，咒师用自己的血写了这部曲，后人只要听过这张CD就会慢慢的死去……

韦氏生化城最近发生连串离奇失踪案件，令员工陷入一片恐慌，坊间流传失踪者被吸进异度空间，所以很多员工拒绝上班，因此韦氏生产陷入瘫痪状态，韦遂致电铁男求助。铁男首先向目击者祖儿了解事件经过，她也对异空间之说深信不疑，铁男对此抱怀疑态度，及后发觉其中几名员工有可疑，可能是幕后黑手。于是继续向其他目击者录取口供，发现所有人都不是亲眼目击而是道听途说，于是展开深入调查……

Tammy发现自己患上梦游，她知道自己入睡后曾经外出，并带回了一些不属于自己的物品，身上染上了不属于她的血迹，她为此而感到十分震惊，因为她想不起自己曾作过何事。Tammy找上了天眼侦缉研究所，要求Sam对她作出调查。与此同时，城中传出农场出现禽畜遭大型动物袭击事件，神秘人又再出现要求Sam调查此案件。调查期间，Sam发现袭击农场的竟是一个精神异常的人类，并在其体内找到美洲豹基因。此人是素食者，也是Tammy所经营食品店的顾客。Tammy亦有此病征，Sam怀疑是一种新开发的食品出现问题，经化验后证实此含有美

中国香港回归后，针对一些犯罪分子在两地同时作案的情况，按国际刑警中国区领导的指示，靖海公安局的田局长受命领导两地联合行动的领导工作。大家在田局长的领导下，接手的第一个案子是一个以粮食进口为幌子，进行走私毒品的案子。

该剧讲述了正面人物刘绍林与反面人物王殿臣在解放前后的多次对决的故事。长期以军统身份潜伏于蒋军的刘绍林，受命协助遭严重破坏的川东地下党，解救将被屠杀的“中美合作所”革命志士。刘绍林与主持实施大屠杀的王殿臣在对决……解放后，为了肃清潜伏的敌特，刘绍林担负起追捕任务，粉碎了王殿臣的暴乱阴谋，粉碎了暗杀李修凯的企图，抓获叛徒冉益智，基本肃清重庆的匪特。王殿臣深入潜伏，布下疑阵，栽赃葛怀林，削去刘绍林的左臂右膀，准备制造“金融风潮”……面对狡猾的敌人，刘绍林一一化解，最终取得胜利。

好友罗布（迈克尔•斯达-大卫 Michael Stahl-David 饰）要去日本工作，他的弟弟杰森（迈克•沃格尔 Mike Vogel 饰）和朋友莉莉（杰西卡•卢卡斯 Jessica Lucas 饰）为他举办了一场欢送派对。看到杰森拎着DV只顾拍摄美女玛莲娜（丽兹•卡潘 Lizzy Caplan 饰），莉莉很恼火，指出他更加关注罗布，因为后者才是今天的主角。罗布姗姗来迟，并且感到没落。原来他跟好友贝丝（奥黛塔•雅丝曼 Odette Yustman 饰）的地下情刚刚告吹，这令他异常沮丧。正在此时，贝丝携新

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉