西元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。2198年，地球接收了来自异星人行星“伊斯坎达尔”的“次元波动引擎”技术供应，并开启了恒星间航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。2199年1月，经科学家估计

将被称为“精灵”的生命体，当成理所当然的存在的虚构世界— Polyphonica（中译：波利佛尼卡），和我们地球的真实世界有着平行世界般的关连。因此，也有真实世界历史上实际存在过的人（例如：但丁、贝多芬）出现在波利佛尼卡大陆上。波利佛尼卡大陆的科学等级，大致介于地球的现代与近未来之间。跟地球科技产物类似的物品，也大多都存在着。另外，也有着被称为未来都市一般的存在。而借由演奏“神曲”来借用精灵力量的技术体系，则与一般科技并行发展着。这个世界其实还隐藏着某项重大的秘密，而精灵们则一直等待着人类逐步接近真相的时

将被称为“精灵”的生命体，当成理所当然的存在的虚构世界— Polyphonica（中译：波利佛尼卡），和我们地球的真实世界有着平行世界般的关连。因此，也有真实世界历史上实际存在过的人（例如：但丁、贝多芬）出现在波利佛尼卡大陆上。波利佛尼卡大陆的科学等级，大致介于地球的现代与近未来之间。跟地球科技产物类似的物品，也大多都存在着。另外，也有着被称为未来都市一般的存在。而借由演奏“神曲”来借用精灵力量的技术体系，则与一般科技并行发展着。这个世界其实还隐藏着某项重大的秘密，而精灵们则一直等待着人类逐步接近真相的时

【本片为时长26分钟的完全版】在宇宙世纪0096的后半，地球联邦政府感觉「精神感应骨架」的存在会成为威胁，所以命令隶属于直辖情报部的梅米特·梅鲁加中尉组织特殊部队「莫斯提马」，执行潜入地球圈漂流的小行星「阿克西斯」所分裂出来的其中一边，并进行调查。与梅米特同行的调查队队员中，有曾经在吉翁公国和新吉翁担任技师和测试驾驶员的艾鲁丽特·马里亚热和丹顿·哈力古这两位平民。潜入了阿克西斯的调查队在应该不会有人的基地内受到私人军队「巴纳姆」的新型「高达」的袭击。在这期间，艾鲁丽特将某个「思念」藏于心里，走向遗留在阿克

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪（UC）终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century（RC），并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地、连接地球和宇宙的轨道天梯“首都塔”，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的光子电池（Photon Battery），故被视为圣地。其守护组织“首都卫队”候补生贝尔利・杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明的MS“G-Self”攻击。贝尔利使用作业用MS“雷克汀”与其交战并成功捕获。然而“G-Self”的驾驶者，名为艾妲·雷哈顿的宇宙海贼少女却对贝尔

1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。史派克（Spike）和杰特（Jet）是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介

九头蛇受尽复仇者联盟的攻击，决定反扑，一心想要毁灭地球。以红骷髅与魔多克为首的九头蛇成员们想尽办法夺得复仇者的心智，以此阻止复仇者保卫地球。然而，复仇者们随机应变，一次次在紧要关头识破九头蛇的骗局与伪装，重新找回自己的超能力并互相配合，及时摆脱险境。超级英雄们激烈回击的作战场景，从不曾让人们失望，复仇者们永远相信，正义终将到来。

Piyoko来到地球，为了替自己贫苦的生活讨回公道，想要绑架Dejiko，两人在秋叶原大战……炎热的夏天，让每个人都热的受不了。突然有一栋新大楼，在举行开幕拍卖会，原来是黑色GAMERS要与Dejiko工作的GAMERS店进行对抗，目的是……和Dejiko等人原先就认识的不暴小子回来了，替有着大太阳的夏天，增添了更热闹的回忆…不知从哪冒出来一只毛毛虫，口里直嚷着要善待地球，却到处在进行破坏。为了让所有喜欢虫虫的好孩子聚集起来，他便为GAMERS进行改造……