很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。

奥特战士与贝利亚之间的战斗被地球人奉为传说一直流传了下来。在六年前的地球上曾出现过怪兽，那场混乱平息之后，人们一直过着和平的日子。主人公朝仓陆从小不知道自己的双亲是谁。他在小时候遇见了佩嘉萨星人——佩嘉，他目前住在星云庄内，是一位崇拜英雄的普通青少年。某天，六年前的怪兽再次出现！星云庄被它肆意践踏，小陆和佩嘉不知该逃往何处，此时他们意外地发现了藏在地底的秘密基地。从基地的莱姆那里拿到了“奥特胶囊”的小陆，变身成了捷德奥特曼！这位奥特战士成功击退了怪兽，但他的外形却酷似贝利亚。在那之后，怪兽们接二连三地出现

C.E.70年2月，地球联合军与扎夫特之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了扎夫特的战士。

曾经，一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后，奥特曼就离开了地球，地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，人类看似过着和平的生活，但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临，所以，继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过，这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人类一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

主人公·大叔是一位外表帅气却过着放荡生活的父亲，工作是马桶垫设计师。和妻子离婚后与学习运动万能的女儿小敏一起生活。某天在一次平常的厕所蹲坑中大叔竟然让马桶吸了进去！ 穿越到未知世界的大叔被赋予拯救地球的重任，稀里糊涂的成为了超级英雄！而成为英雄的代价却是将原本英俊帅气的大叔变成了臃肿丑陋的大胖子！！守护地球和小敏的战斗，就此开始

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…

很久以前，魔王兽在地球上出现，做尽一切的破坏。历代奥特英雄们将魔王兽封印，令地球恢复了和平。时光流逝，为了从魔王兽的复活中保护地球，从银河的远方来到地球的光之战士，欧布奥特曼。在地球上自称红凯，作为流浪青年无定向及持续地漂泊旅行。红凯为了打倒复活的魔王兽，将昔日奥特英雄们封印魔王兽并留下来的力量以“欧布圆环 Orb Ring”变成卡牌，以此来获得“奥特融合卡 Ultra Fusion Card”。“奥特融合卡”寄宿着历代奥特英雄的力量。红凯把两张“奥特融合卡”经由“欧布圆环”双重读取，Ultraman O

普通的男高中生们接受了保护地球的使命，变身成为“战斗王子”。

方宇意外邂逅了迷失在地球的托宝战士，并与他们成为伙伴。而后他发现父亲竟是传奇托宝操作员，曾经的英雄故事将再次上演。与此同时，宇宙强盗入侵地球，父子与托宝战士携手，展开一场惊心动魄的守护之战。

该动画是以能听到其他人听不到的声音，被人当成怪人的中学生九之濑宙太为主角，讲述他成为宇宙警察并在与犯罪者的交锋中成长的故事。